量子化学计算(Gausssian)图形工作站硬件方案

(一)量子化学计算如何选择硬件配置
由于分子的类型、体系和模拟算法,以及各种应用和精度要求,都有不同的计算特点,对计算机硬件(CPU、内存、硬盘、GPU)配置要求有很大的差异 ,那么如何选择好服务器/工作站的硬件配置,提高计算速度,缩短求解时间?主要看用量子化学计算软件的算法,及做什么求解,因为算法和精度决定了计算特点和求解规模,合理的硬件配置,大大发挥机器性能,缩短求解时间。

主要量子化学软件:Gaussian,GAMESS,MOLPRO,NWChem
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1.4 量子化学计算硬件配置特点
(1)不同算法的并行计算的核数加速比有所差异,不完全是线性的
(2)最新CPU架构和提升频率,对缩短求解时间非常显著
(3)精度高求解计算量大,对CPU频率和核数、内存容量、硬盘io要求均有很高要求

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数据来源:http://www.hpc.co.jp/chem/c_select_hardware.html

(4)核数与内存比例为 1:4最为理想
(5)支持Tesla K40或K80 的GPU计算,显存需12GB以上,但算法有局限性,同时性价比不好
(6)组成集群的计算节点配置最好采用4核~10核超高频,效率最高

(二)基于量子化学计算,UltraLAB完美硬件配置推荐
2.1 UltraLAB图形工作站机型介绍

UltraLAB是西安坤隆计算机科技有限公司推出的定制图形工作站品牌,经过多年发展,该产品拥有傲视群雄的三大领先优势:先进计算硬件架构、完整齐全行业应用定制方案、专业硬件系统优化技术,大幅超越同类的“图形工作站”产品。以下是基于量子化学计算应用最快硬件架构产品系列:

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备注:以上价格仅供参考

上述配置其显著特点,
(1)全部采用最新intel硬件架构
(2)提供不用规模的高效完美硬件配置,满足不同算法和精度计算需求
(3)每个配置架构,CPU频率达到极致,提升性能关键指标
(4)足够多核数,并行存储高io,满足高精度计算,均衡无死角
(5)整机全部提供系统优化,大幅提升计算速度
(6)支持GPU计算扩展

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原文链接:https://blog.csdn.net/Su_wenfeng/article/details/79456396

MOPAC MOPAC是世界上最广泛使用的半经验量化程序 MOPAC是世界上最广泛使用的半经验量化程序,用于研究气体,溶液和固体的化学特性,包括Gibbs自由能,活化能,反应路径,偶极矩,非线性光学特性以及红外光谱,等。它还可以用做为结构-特性(或活性)定量的基础,预测生物学及其它特性,包括致癌性,蒸汽压,水溶解性,反应率等。MOPAC中获取专利的MOZYME算法可以使那些在超级计算机上需要几天或者几周的计算,在 PC机上仅需要几分钟。对于包含上千原子的体系,诸如蛋白质,聚合物,半导体和晶体,它们的电子特性计算仅仅需要几分钟或几小时。 此外,MOPAC还包含用于光谱计算的半经验分子轨道程序MOS-F模块(目前版本是5.0)。MOPAC和MOS-F本身并不包含图形用户界面,但可以和CAChe,LinMOPAC,WinMOPAC,HyperChem或CS Chem3D等图形用户界面的程序结合使用。 MOPAC早先作为免费软件发布,最高版本为MOPAC 7.0。此后成为商业软件。目前的版本是MOPAC 2006。 基本功能: 1. 计算方法有:在MOPAC中有:AM1,AM1-d,PM3,MNDO,MNDO-d,MINDO/3;在MOS-F中有:CNDO/2,CNDO/S,CNDO/S2,CNDO/S3,INDO/S。 适用原子: MINDO/3(H,B,C,N,O,F,Si,P,S,Cl); MNDO(1977)(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Hg,Tl,Pb,Bi,S,Cb); AM1(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,V,Fe,Cu,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Mo,Pd,Ag,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Pt,Hg,Tl,Pb,Bi,Si,S,Cb); PM3 (1985)(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,Ti,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Hg,Tl,Pb,Bi,Cb); PM5(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Hg,Tl,Pb,Bi); mndo_d(Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,Zn,Br,Cd,I,Hg)。 2. 可以进行的计算有:几何优化,过渡态结构,激发态结构,线性比例SCF计算(MOZYME方法),反应坐标能量图,生成热(气相或溶液),简正模式振动分析,溶剂特性(气相,水,辛醇等),IR光谱,原子电荷,极化率,偶极矩,分子轨道,电子密度,梯度范数,力,能量分配,ESP原子电荷,键序,参量化分子静电势,体系间交叉结构,氨基酸片断顺序的结构分析,IRC/DRC。 3. 支持的输入文件格式:MOPAC,MOS-F,Gaussian输入文件(*.gjf),Gaussian fchk文件(*.fch),Cartesian文件(*.car),PDB。 4. XMO工具可以显示分子。 MOS-F 1. 进行半经验分子轨道方法INDO/S,CNDO/S,CNDO/S2,CNDO/S3,CNDO/2等的计算。 2. 单电子激发组态相互作用(CIS)的光谱计算,支持单重激发态和三重激发态。CIS还能计算激发态的电子密度和电偶极矩。 3. 随机相位近似(RPA)的光谱计算。 4. 分子特性计算:含频极化率,静态第一超极化率,电-光泡克尔效应,产生二次谐波,光学检波,静态第二超极化率,包含克尔效应的直流电场,包含二次谐波的直流电场,产生三次谐波,简并四波混频,包含光学检波的直流电场。 5. 用Onsager模型进行SCRF计算,预测溶液中的分子特性:CIS/RPA波函的电子光谱;用CIS波函预测激发态的电子密度和电偶极矩;用CIS波函计算含频极化率,第一超极化率和第二超极化率。 6. 解析的Pariser-Parr, Nishimoto-Mataga, Nishimoto-Mataga-Weiss,Ohno,Ohno-Klopman和DasGupta-Huzinaga公式,用于求解双中心电子排斥积分。 7. 支持的坐标输入格式有Gaussian型Z矩阵和MOPAC内坐标。 8. 到WinMOPAC的输入/输出接口。 9. 对溶质,自动计算空穴半径;通过指定溶剂名称,自动设置介电常数和折射率。 10. 改善SCF收敛的DIIS方法。 11. 转动常数,惯量主轴和偶极矩的夹角。 MOPAC2002 V1.5和WinMOPAC 3.9的新功能: 1. MINDO,AM1,PM3,PM5新增加对13种过渡金属(Sc,Ti,V,Cr,Fe,Co,Ni,Cu,Zr,Mo,Pd,Ag,Pt)的支持。 2. MOS-F模块升级到6.0。可以用AM1,PM3,PM5计算电子光谱,支持更多的元素;考虑溶剂影响;计算极化率和超极化率;直接SCF方法;快速的直接四指数积分变换方法。 3. 线性标度COSMO方法,能够对大分子进行COSMO计算。 MOPAC2006 1.0新增功能: MOS-F模块:ROHF + CIS计算开壳层分子激发态,QM/MM-CIS/RPA计算生物大分子的激发态,INDO/S新增对Li, F, Mg, Si, P, S, Zn的支持,LAPACK提高了矩阵对角化计算的速度。 MOPAC模块:单点、几何优化、振动频率和COSMO实现并行,周期边界条件。 操作平台:Unix/Linux/Windows Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序) 【URL】 http://www.cachesoftware.com/mopac/index.shtml 【作者】 CAChe Group, Fujitsu 【用途】 MOPAC is a general-purpose semiempirical quantum mechanics package for the study of chemical properties and reactions in gas, solution or solid-state. MOPAC directly predicts numerous chemical and physical properties such as Gibbs free energies, activation energies, reaction paths, dipole moments, non-linear optical properties and infrared spectra. It is also used as the basis of quantitative structure-property (or activity) relationships (QSAR), to predict a wide variety of biological and other properties such as carcinogenicity, vapor pressure, water solubility, and reaction rates. Macromolecules: very fast, patented, linear-scaling MOZYME optimizes proteins and DNA Materials: d-orbitals, crystals, geometry in electric fields, NLO, 2D/3D periodic boundaries Polymers: band structures, phonon spectra, Young's modulus, tensile strength Dyes: UV spectra prediction, intersystem crossing, excited states in solution Synthesis: thermodynamics, kinetics, transition-states, reaction paths, solvation, catalysis MOPAC includes the semiempirical Hamiltonians MNDO, MINDO/3, AM1, PM3, MNDO-d, and PM5. These methods have been calibrated using experimental data for thermodynamic properties such as heats of formation. AM1-d parameters are available for the following metals: Ti, V, Fe, Cu, Mo, Pd, Ag and Pt.
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