膜蛋白的MD模拟

蛋白大体上分为三种类型, 组蛋白,球蛋白和膜蛋白
组蛋白体积巨大但具有周期性,功能简单,以支撑保护为主. 做机理研究的意义相对不大.
球蛋白可溶于水, 有一个亲水的外表面和输水内核,体积较大, 功能复杂,比如酶, 抗体等,做药物设计的好像都跟这个亲热.
膜蛋白, 肯定和膜有关,或吸附在膜表面, 或嵌入膜中,或贯穿膜的两侧. 其中最后这种可以形成跨膜通道,用以传输水, 离子以及其他小分子.机理简单但细节不明, 且不需要多么高深的生理医学背景,物理, 化学出身的人很喜欢搞这个.

膜蛋白的结构解析较为困难, 主要是这种蛋白一旦离开膜体系,结构就会发生变化, 而常用的测定结构的方法又不能直接在膜中测定,故pdb库收录的这类蛋白较少.但总数目绝对够自己研究的.
质膜的种类很多, 在不同组织中的含量如下表所示.在MD模拟中常用有POPE, POPC和DPPC 等, 也有放入胆固醇的,但单纯研究通道机理不需要加这个,前面三种就足够了.韩贻人《分子细胞生物学》
vmd 中有一个membrane plugin, 可以快速的生成任意尺寸的, 据说是预平衡了的膜的pdb/psf.
使用方法,
% package require membrane
% membrane -l POPE -x 50 -y 50 -o mem
可以生成名叫mem.pdb/psf 的在xy方向各为50AA的POPE膜,速度很快.
但也有缺点:
1 目前仅支持POPC 和POPE两种膜,
DPPC 结构可以到本站(geffery http://www.mdbbs.org/thread-5026-1-1.html)处下载.
更多参考 http://www.charmm-gui.org/?doc=archive&lib=lipid_pure
2 生成的结构还要进行长时间的模拟才可以使用.
3 两侧水的数目不可调, 且数目较少,使用时候要手工添加水.
vmd 可以使用solvate plugin很容易在体系内添加大量的水