TCGA数据文件下载

TCGA数据文件下载

maf格式的mutation记录文件在TCGA里面已经是level4的数据啦，所以是完全open的，可以随意下载，只需要去其GDC官网简单点击，选择即可。

主要步骤就是在https://portal.gdc.cancer.gov/legacy-archive/search/f里面点击过滤文件类型，选择癌症种类、data类型， access权限，选择open即可，最后得到的132个文件就是我们需要的。然后点mainfest，下载一个gdc_manifest.xxxxxxxxxx.txt文件。

 

gdc-client工具，提供的电脑操作系统版本有限哦

gdc-client_v1.3.0_Windows_x64.zip

gdc-client_v1.3.0Ubuntu14.04x64.zip

gdc-client_v1.3.0_OSX_x64.zip

 

在https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool下载window版本的gdc-client，

解压（小心杀毒软件报错）

把解压后的exe运行程序的位置添加到path环境变量，用cmd运行:

gdc-client –h                      ##测试一下

gdc-client download -m gdc_manifest.xxxxxxxx.txt