TEsorter：TE的分类和可视化

TEsorter 是一个用于分类和可视化转座元件（TEs）的工具，特别是长末端重复转座子（LTR-retrotransposons）在植物基因组中。以下是关于TEsorter的主要功能和特点：

1.分类功能：

TEsorter 能够将TEs分类到超家族级别，并且进一步将LTR-RTs（长末端重复转座子）分类到支系（clade）级别。它使用保守的蛋白域数据库GyDB和REXdb来实现这一分类。TEsorter基于隐藏马尔可夫模型（HMM）配置文件，这些文件是从TE蛋白域数据库中获得的。

##conda 安装
conda install -c bioconda tesorter

$ TEsorter  -h
usage: TEsorter [-h] [-v] [-db {gydb,rexdb,rexdb-plant,rexdb-metazoa,rexdb-pnas,rexdb-line,sine}] [--db-hmm DB_HMM]
                [-st {nucl,prot}] [-pre PREFIX] [-fw] [-p PROCESSORS] [-tmp TMP_DIR] [-cov MIN_COVERAGE] [-eval MAX_EVALUE]
                [-prob MIN_PROBABILITY] [-nocln] [-cite] [-dp2] [-rule PASS2_RULE] [-nolib] [-norc] [-genome]
                [-win_size WIN_SIZE] [-win_ovl WIN_OVL]
                sequence

lineage-level classification of transposable elements using conserved protein domains.

positional arguments:
  sequence              input TE/LTR or genome sequences in fasta format [required]

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program's version number and exit
  -db {gydb,rexdb,rexdb-plant,rexdb-metazoa,rexdb-pnas,rexdb-line,sine}, --hmm-database {gydb,rexd