eQTL共定位分析

eQTL共定位分析是一种后GWAS（全基因组关联研究）分析方法，它用于鉴定与特定表型相关的eQTL（表达数量性状基因座）位点，并探索这些位点如何通过基因表达影响表型。以下是eQTL共定位分析的基本理解：

1. 共定位分析的目的： eQTL共定位分析的目的是确定两个性状（例如GWAS确定的性状和eQTL确定的性状）在给定基因组区域中是否共享共同的因果变异。这种分析有助于揭示基因表达如何与遗传变异相关联，并可能影响复杂的表型。

2. 共定位分析的应用：

   • 联合GWAS分析定位致病风险位点；
   • 揭示非编码区基因突变与基因表达之间的调控关系；
   • 探索不同人群中基因差异与基因表达调控的关系；
   • 发现药物等治疗前后eQTL差异。

3. 共定位分析的方法： 共定位分析通常基于贝叶斯推断，使用如R语言中的coloc包进行。这种方法可以检验输入的两种表型在给定区域内是否共享同一个因果变异。

4. 共定位分析的步骤：

   • 确定要检验的表型和相应的共定位区域。共定位区域的选择依赖于先验知识和表型的选择，通常是基于重叠的GWAS信号。
   • 准备数据，包括GWAS和eQTL的汇总统计数据，确保数据格式符合共定位分析软件的要求。
   • 使用共定位分析软件（如coloc）进行分析，计算共定位后验概率，以确定两种表型是否在特定区域内共享因果变异。

5. 共定位分析的结果解释： 共定位分析的结果通常包括四种设想：

   • H0：两种表型与基因组区域的所有SNP位点无显著相关；
   • H1/H2：一种表型与基因组区域的SNP位点显著相关；
   • H3：两种表型与基因组区域的SNP位点显著相关，但由不同的因果变异位点驱动；
   • H4：两种表型与基因组区域的SNP位点显著相关，且由同一个因果变异位点驱动。 分析的目标是使H4的后验概率更高，从而解释GWAS信号如何通过影响基因表达来影响表型。

通过eQTL共定位分析，研究人员可以更深入地理解遗传变异如何通过调控基因表达来影响复杂的表型和疾病。