syri软件的安装

目录

1. 下载syri软件

​2. 其他软件的安装和环境配置

3. plotsr软件的安装

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1. 下载syri软件

网址：syri 该软件基于 3.5 版本 python，请提前使用 conda 创建 python 3.5 版本 环境并安装依赖模块

点击 view project on github 

点击 +9 release

我选择的是syri v1.4版本

 2. 其他软件的安装和环境配置

 创建3.5版本的python环境

## 创建3.5版本python环境
conda create -n py35 python=3.5
## 进入环境
conda activate py35
## 安装syri 依赖的python模块
conda install cython numpy scipy pandas=0.23.4 biopython \
psutil matplotlib=3.0.0
conda install -c conda-forge python-igraph
conda install -c bioconda pysam

安装syri

## 下载1.4版本syri
git clone https://github.com/schneebergerlab/syri.git
## 或者直接wget下载
# wget https://github.com/schneebergerlab/syri/archive/refs/\

# tar -xzvf syri.v1.4.zip
# mv v1.4 syri
cd syri
python setup.py install
## 添加可执行权限
chmod 755 ./syri/bin/*

3. plotsr软件的安装

plotsr: visualizing structural similarities and rearrangements between multiple genomes

plotsr 软件是可视化基因组结构重拍的工具。

其下载网址：plotsr

##解压
tar -xzvf plotsr1.1.1.tar.gz
cd plotsr1.1.1

然后输入命令测序一下：

##进入bin目录
plotsr

出现帮助文档则表明安装成功。

注意：由于本人当时是在创建的syri环境python=3.5版本中，无论利用 conda install plotsr 或 下载后手动安装均无法成功，原因是在当前syri-python=3.5环境中未能与最新版本的plotsr相兼容。当切换至base=python.3.10版本时，上述两种方法均可正常使用。