PCA主成分分析之R语言

于 2024-05-16 20:03:02 发布
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分类专栏： R 文章标签： r语言 开发语言
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版权

简介

主成分分析(PCA)是一种线性降维方法，通过线性变换简化数据集，提取关键信息对数据进行区分。群体重测序项目往往能得到百万乃至千万级别的SNP，基于SNP进行PCA的软件有很多，主流是下面三种：

前面两个软件使用起来相对简单一些，EIGENSOFT运行需要一些配置，相对麻烦一点。

数据准备

我这里使用我以前一篇 文章提到的数据rename.id.maf0.05.geno0.1.vcf，已经进行了过滤。

PCA

这里使用plink以及GCTA进行分析，分析之前都需要数据处理一下：

将vcf数据转换为

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