diamond安装与使用

1.前言
diamond是一款用于蛋白质和翻译后DNA搜索的序列比对工具，专为大规模序列数据的高性能分析设计。其主要特点包括：

- 与BLAST相比，蛋白质和翻译后DNA的成对比对速度快100倍至10000倍。

2. 参考

https://github.com/bbuchfink/diamond    #参考github
http://www.diamondsearch.org     #软件开发官网

3.安装

wget -c https://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.1.8/diamond-linux64.tar.gz           #下载
tar -zxvf diamond-linux64.tar.gz       #解压

4.常见参数使用
语法：diamond 命令 [选项]
 
命令：
makedb                   从FASTA文件构建DIAMOND数据库
prepdb                   为Diamond使用准备BLAST数据库
blastp                   将氨基酸查询序列与蛋白质参考数据库对齐
blastx                   将DNA查询序列与蛋白质参考数据库对齐
cluster                  聚类蛋白序列
linclust                 线性时间内聚类蛋白序列
realign                  重新对齐聚类序列与它们的中心点
recluster                重新计算聚类以修复错误
reassign                 重新分配聚类序列到最近的中心点
view                     查看DIAMOND对齐档案（DAA）格式的文件
merge-daa                合并DAA文件
help                     生成帮助信息
version                  显示版本信息
getseq                   从DIAMOND数据库文件检索序列
dbinfo                   打印关于DIAMOND数据库文件的信息
test                     运行回归测试
makeidx                  制作数据库索引
greedy-vertex-cover      计算贪心顶点覆盖

5.示例

##比对使用diamond 

## 构建diamond数据库

diamond makedb --in Ft.pep.fasta --db Ft.pep.fasta
diamond makedb --in Ath.pep.fasta --db Ath.pep.fasta

## 使用diamond blastp进行比对

diamond blastp --query Ath.pep.fasta --db Ft.pep.fasta \
--out tmp.Ath_Ft.blast \
--outfmt 6 \
--max-target-seqs 5 \
--evalue 1e-10
diamond blastp --query Ft.pep.fasta --db Ath.pep.fasta \
--out tmp.Ft_Ath.blast \
--outfmt 6 \
--max-target-seqs 5 \
--evalue 1e-10

##查看比对结果
cat tmp.*.blast > Ft-Ath.blast