求助 3D slicer 将segmentation导出为 dicom格式

最新推荐文章于 2024-06-11 12:01:25 发布
最新推荐文章于 2024-06-11 12:01:25 发布
阅读量832 收藏
点赞数 18
文章标签： python
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/hukx66/article/details/137077102
版权

如图 通过学习资料 将肿瘤区域进行了 勾画切割，形成了一个segment，并把它转换为了LabelMapVolume的数据格式，然后将它导出为dicoms格式

然后将导出的dicom格式再次导入

如图显示，保存的dicom格式确实具有勾画的肿瘤，但是变成了对比度非常低的灰度图像。

虽然在Volume-Display的window/level更改为了auto，显示正常（可以很清晰的看出肿瘤位置），但原dicom格式没有做出改变，在其他的dicom浏览器上也不能正确显示。想问一下，该怎么实现导出labelmapvolume时 就正确的转换dicom格式。（nii等其他格式是可以的，但任务是希望获取dicom格式）

hukx66
关注
数据融合matlab代码-dicomsegmentation:用于DICOM文件自动分段的Python和MATLAB脚本
05-22
数据融合matlab代码分割 用于自动分割DICOM文件的Python脚本。 这些脚本获取DICOM文件，将它们融合，然后分割组织。 它还基于图像融合计算头骨数据的标准10-20个电极位置。 Python：bloodHunt.py：该文件获取DICOM文件并查找血管。 MATLAB：testLoad.m：主脚本，当前针对特定文件名进行硬编码。 能够加载文件，将10-20个电极安装到熔融的固体上，然后以3D方式绘制刺激力的结果。
3D Slicer将分割结果保存
qq_15054345的博客
06-21 5266
无
3D Slicer：从入门到精通（五）——数据的加载和保存
walt3433的博客
02-28 3184
DICOM和医学成像软件使用LPS（左侧、后侧、上侧）坐标系统，而Slicer的内部表示使用RAS（右侧、前侧、上侧）。读取器可能支持各种类型的2D、3D和4D图像，如标量、向量、DWI或DTI，包含图像、剂量图、位移场等。整个工作空间，包括所有数据和设置，可以通过点击左上角的小包装图标保存到一个单独的、独立的、自包含的。：用于存储点列表的旧文件格式。所有文件的新副本将被写入并压缩到一个文件中，因此保存时间比仅修改文件的增量保存要长。用于导出的设置（文件格式、文件名、选项）不会修改用于保存的设置。
3dslicer 基础教程
啥也不懂的博客
09-22 1945
要激活视图，请在视图内部 单击：如果您不想更改视图中的任何内容，只需激活它，然后 right-click 无需移 动鼠标即可。要激活视图，请在视图内部单击： 如果您不想更改视图中的任何内容，只需激活它，然后 right-click 无需移动鼠标 即可。1.导出到数据库：将场景中的数据保存到应用程序的 DICOM 数据库中 2.导出到文件系统：将 DICOM 文件从数据库复制到文件系统中的选定文件夹。2.加载：通过双击 DICOM 浏览器中的项目，将数据对象放入场景中。
3D Slicer：从入门到精通——数据模块之DICOM
walt3433的博客
05-27 2102
该模块允许导入、导出和网络传输DICOM数据。Slicer支持DICOM功能的常用子集，其特定功能由临床研究的需求驱动：从磁盘读取和写入数据集，并通过DIMSE和DICOMweb网络协议进行网络传输——查询检索发送和接收数据集。医学数字成像和通信（DICOM）是信息交换数字放射学的广泛使用标准。在大多数情况下，医院使用的成像设备（CT和MR扫描仪）将生成保存为DICOM对象的图像。DICOM按以下层次结构组织数据患者… 可以有1个或多个研究（单次成像检查） … 可以有1个或多个系列。
3D Slicer 制作个性化面具并导出保存为3D打印文件
learner_jj的博客
04-17 1065
采用3D slicer 基于结构像制作个性化面具
3D Slicer 的帮助文档，中文教程
04-20
3D Slicer是一款广泛应用于生物医学工程领域的开源软件，它允许用户通过医学影像进行三维模型的提取。这个软件因其强大的图像处理和分析功能而在行业内受到推崇。以下是关于3D Slicer的一些关键知识点： 1. **系统...
3D Slicer 5.6.2 win amd64
05-23
3D slicer。官网下载慢。
3D Slicer 安装包: Slicer-5.0.2-win-amd64.exe
05-30
3D Slicer是一款可快速上手的医学图像计算软件，是众多影像诊断工作者的必备神器。 本资源下载自官网，可以放心使用。版本为5.0.2，是当前的最新稳定版，要求的运行环境为Win10 及其更高版本的 Windows 系统。
3D Slicer及体绘制算法介绍
12-08
3D Slicer 版本 4.5 集成了 Python 2.7.10 和丰富的标准库，如 numpy、VTK、CTK 和 PythonQt 等，这些工具为用户提供了强大的计算能力和丰富的可视化选项。其中： - **numpy**：是 Python 中的一个高性能数值计算包...
pydicom-seg:用于DICOM-SEG医学分割文件读取和写入的Python软件包
05-08
pydicom-seg 使用作为DICOM序列化/反序列化库来读取和写入医学图像分割存储文件。 有关支持的功能和用法的详细说明，请参阅。 动机 项目在一段时间内将DICOM-SEG文件转换为ITK兼容的数据格式（通常用于研究）成为可能。 但是，该项目是用C ++编写的，仅通过二进制文件itkimage2segimage和segimage2itkimage提供对转换的访问。 将DICOM-SEG文件转换为ITK NRRD文件格式后，用户必须在输出目录中扫描生成的文件，分别加载它们，并可能将多个文件组合为所需的格式。 该库旨在通过提供对numpy和SimpleITK支持的Python读写功能，来SimpleITK 。 另外，开箱即用地支持诸如加载多类细分之类的常见用例。 安装 从PyPI安装 pip install pydicom-seg 从源安装 该软件包使用 （版本> = 1.0.5）
SlicerDocker:在Docker中构建，打包，测试和运行3D Slicer和Slicer扩展
03-18
3D Slicer的Docker映像 图片 切片器/切片器笔记本 包含Slicer和Jupyter的即可运行的Docker映像。请参阅下面的更多信息。 切片器/切片器库 每次提交请求请求时，用于在CircleCI上构建Slicer的图像。有关更多详细信息...
医学图像分割结果 渲染展示和 DICOM SEG保存
最新发布
buganything的博客
06-11 375
看缺少渲染展示的简单方法以及 没有找到DICOM SEG保存的民间教程，自己写一个，仅供参考
DICOM-RT struct转换为nii.gz
啷个哩个啷
04-19 7408
文章目录1. RTSTRUCT轮廓转换为坐标显示2. RTSTRUCT转为nii.gz（DICOM to NITFTI）2.2 使用dcm2niix库进行转换（C++）2.2.1 安装2.2.2 转换常规序列dicom图像2.2.3 转换RTSTRUCT（DICOM）2.1 使用dicom2nifti库进行转换（python）2.2 直接使用3d Slicer转换2.2.1 下载SlicerRT扩展2.2.2 使用3d Slicer同时查看dicom文件和rtstruct轮廓2.2.3 使用3d Slice
3DSlicer导出的segmetation-labelMap图像变小的问题
qq_38977514的博客
05-22 1485
3DSlicer在分割完成后可以将分割结果作为model(surface mesh)或labelmap保存，但保存成labelmap时常常出现labelmap与原图像大小对应不上的问题，如下图所示： 再打开对比下图像大小： 可以发现原图像335x343x54，而导出的labelMap只有196x207x37了。 要解决该问题，需要将 Segmentations->Export/import models and labelmaps->Advanced->Reference volume:
3D Slicer：从入门到精通（六）——图像分割
walt3433的博客
05-16 2192
在源表示设置为二进制标签图的分割中，每个层暂时允许具有不同的几何形状（原点、间距、轴方向、范围） - 以允许在分割之间移动段而不会产生不必要的质量损失（每次对二进制标签图进行重采样都会导致轻微变化）。一个区域可以用不同的方式表示，例如作为二进制标签图（每个体素的值指定该体素是在区域内还是区域外）或闭合表面（表面网格定义区域的边界）。源表示是唯一可编辑的表示，它是保存到文件时唯一存储的表示，所有其他表示都是从它自动计算的。每个层在内部存储为一个单独的3D体积，一个体积可以在许多不重叠的段之间共享以节省内存。
nifti数据转为dicom序列
qq_35949661的博客
02-17 759
nifti数据转换为dicom序列
nii(nifti）转dicom(rtstruct) 已经有开源的代码了，请转到开源原仓库https://github.com/qurit/rt-utils
fanre的专栏
03-14 3117
转载自己的code，可以参考 GitHub - shchojj/nfti2dcm: nifti-formatted image/labels are converted to dicom 感觉写开源应该也挺好玩
dicom文件_NIfTI和DICOM的格式互相转换
weixin_39944074的博客
11-25 1665
NIFTI和DICOM文件互相转换https://github.com/biolab-unige/nifti2dicom(推荐使用)sudo apt install nifti2dicom下载:https://launchpad.net/ubuntu/xenial/amd64/nifti2dicom-data/0.4.11-1ubuntu3文档: http://manpages.ubuntu.co...
3D Slicer将几张dicom图重叠成一张
05-17
3D Slicer是一个功能强大的医学图像处理软件，可以用于将多个DICOM图像重叠成一张图像。下面是具体的步骤： 1. 打开3D Slicer软件并导入DICOM数据。在菜单栏中选择“DICOM”>“导入DICOM数据”。 2. 在导入DICOM...
评论 4
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值