GEO官网下载series_matrix读取，GPL探针，GSE临床数据

由于网络原因，常常使用getGEO函数可能会出错，下载不了文件。可以从GEO官网下载矩阵（部分可能没有矩阵）

读取矩阵

然后进行R读取进行ID转换分析等

#第一步对下载的文件解压
#解压一个txt 文件，并且有相关GSE样本的注释（可选择删除注释，转换为CSV格式进行读取：麻烦）


##这里直接读取txt文件
exprSet <- read.table("GSE文件_series_matrix.txt",
                      comment.char="!",       #comment.char="!" 意思是！后面的内容不要读取
                      stringsAsFactors=F,
                      header=T)
class(exprSet)##查看数据类型
rownames(exprSet) <- exprSet[,1]  #把第一列的值变为行名
exprSet <- exprSet[,-1]  #把第一列去掉

##后续进行ID转换和分析

读取GPL探针文件

rm(list=ls()) 
GPL <- read.delim("GPL570.annot",stringsAsFactors=FALSE,skip = 27 ) 
##下载的GPL文件的前27行是基本信息，这个基本每个文件都一样，不一样的自己微调

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GSE临床数据下载

#临床信息下载整理：方法1
rm(list = ls()) 
library(GEOquery)
eSet <- getGEO("GSE84437", #获取相关GEO信息
               destdir = '.',  #下载在当前目录
               getGPL = F) #平台信息不要

pdata1 <- pData(eSet[[2]])#提取第一个平台的临床数据
pdata2 <- pData(eSet[[1]])#提取第二个平台的临床数据
#pdata<-pData(eSet)  #pData用于提取临床信息

出现报错下载不了怎么解决？

Error in downloadFile(url, destfile = destfile, mode = "wb") : 
 （应该是网络下载相关的问题）

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或者直接从GEO网页下载数据

GEOquery只下载临床信息如何只查看geo的临床信息而不下载矩阵_easygeo-CSDN博客

GEO生信数据挖掘（五）提取临床信息构建分组，分组数据可视化（绘制层次聚类图，绘制PCA图）_geo数据库 层次聚类-CSDN博客