基因查询常用汇总网（多数据库）

已于 2024-04-22 11:03:14 修改
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分类专栏： 肿瘤生信分析 文章标签： 数据库
于 2024-04-11 21:17:02 首次发布
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NCBI

genecards

HPA数据库

gepia2

cbioporta

kmplot生存分析

ualcan

进行一些常用的基因功能蛋白及表达的网站查询汇总，方便个人使用

NCBI

National Center for Biotechnology Information (nih.gov)

查询基因的曾用名和其他ID，以CD274为例，还可以查询

点击

See related

Ensembl:ENSG00000120217可以查看CCDS序列

Gene: CD274 (ENSG00000120217) - Summary - Homo_sapiens - Ensembl genome browser 111CCDS Report for Consensus CDS (nih.gov)

genecards

CD274 related genes - GeneCards Search Results

可以查看许多蛋白结构相关信息

例如查询蛋白分布位置

查看结构大小：3.3Kda

细节注意：PD-L1 (CD274)靶点介绍及实验小贴士| Abcam中文官网

 由于PD-L1蛋白存在多种翻译后修饰，包括多位点糖基化修饰，所以实际检测到的条带大小可能在30-60kDa之间，与理论值20-33kDa有所区别。

HPA数据库

Search: CD274 - The Human Protein Atlas

可以查询相关抗体还有免疫组化数据

HPA数据库及HPAanalyze包使用-CSDN博客

HPAanalyze下载病理IHC然后qupath半定量分析（补全）-CSDN博客

gepia2

GEPIA 2 (cancer-pku.cn)

查询基因表达及相关性数据

cbioporta

cBioPortal for Cancer Genomics

kmplot生存分析

Kaplan-Meier plotter (kmplot.com)

可以查询多个肿瘤在多个数据库中的预后KM情况

奇怪的点：PD-L1是保护因子。应该是PD-L1对预后预测的异质性大。

ualcan

UALCAN (uab.edu)

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数据集汇总数据集汇总数据集汇总
03-14
这里我们详细探讨一下标题和描述中提到的数据集汇总，以及标签中的相关主题。 1. **免费大数据存储库网站**： - **深度学习数据集收集网站**：这些网站提供各种深度学习所需的训练数据，如CIFAR-10和CIFAR-100，...
生物笔记——注解（一)
2301_78630677的博客
07-16 2504
在这一系列文章中，主要是对相对应的生信分析篇的博文中的生物知识进行注解。以巩固生物知识。(故主要是以笔记为主，排版会较粗糙)，本章为 实验篇——基因家族成员鉴定（一) 的注解在生物这条道路上，我也只是一个学徒，有许多知识等着我去学习，而我也希望一这种方式促进我的学习。ok,笔记总结完毕。 不以物喜，不以己悲 –时23年7月15日 笔记篇。
TCGA数据 ENSG编号转为Symbol（基因名称）
weixin_38987362的博客
11-04 2万+
当想查看对应的差异基因对应的Symbol（基因名称）的时候，发现基因为编码为ENSG开头的一串数字，Ensembl基因的ID # 安装包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("AnnotationDbi") biocLite("org.Hs.eg.db") # 加载包 library(stats4) librar...
gget：一款强大的基因组参考数据库的高效查询工具
bio2s
01-06 190
开源 Python 和命令行程序 gget 可以高效、轻松地以编程方式访问存储在各种大型公共基因组参考数据库中的信息。 gget 与可获取用户生成的测序数据的现有工具一起使用 ，以取代在基因组数据分析过程中效率低下、可能容易出错的手动网络查询。虽然 gget 模块的灵感来自于繁琐的单细胞 RNA-seq 数据分析任务），但我们预计它们可用于广泛的生物信息学任务。
生物信息常用网站(数据库)
志成的博客
11-02 4569
生物信息常用网站 核酸数据库 NCBI（国家生物技术信息中心：National Center for Biotechnology Information）：NCBI设置有与生物技术和生物医学相关的一系列数据库，是生物信息学工具和服务的重要资源。 主要数据库包括DNA序列GenBank，和生物医学文献书目数据库PubMed。 其他数据库包括NCBI表观基因组数据库。这个网站无论是下数据还是查文献都很方便。 数据库：GenBank 官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ EMBL（欧
MSigDB:基因集数据库
庐州月光的博客
11-05 1万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! Gene Set Enrichment Analysis，中文名称为基因集富集分析，是由Broad Institute研究所的科学家提出的一种富集方法，在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件GSEA和一个基因集数据库MSigdb。本章主要介绍这个数据库，官网如下 http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/...
常用生物软件简介汇总(window 版).doc
10-10
5. **ScanAlyze 2.44**：斯坦福大学开发的基因芯片阅读软件，专用于微矩阵荧光图像分析，支持半自动化操作，并能输出便于数据库导入的文本格式。 6. **Cluster**：同样是斯坦福大学的作品，用于大量微矩阵数据的...
[emuch.net]国内重点实验室分子生物学实验方法汇总实验室常用实验方法.pdf
06-04
此外，文档还提供了分子生物学领域内一些主要的公共数据库及网址，便于科研人员进行基因序列查询、蛋白质分析等工作。 通过对上述文档中分子生物学实验方法的总结，我们可以看到，分子生物学是一个广泛且复杂的领域...
生物信息学软件汇总
09-22
本文将详细介绍一系列常用的生物信息学分析工具，这些工具涵盖了从基因到蛋白质各个层面的分析需求。 #### 二、蛋白质/基因序列分析 **1. 蛋白质/基因序列相似性和同源性搜索** - **工具**: BLAST (Basic Local ...
基因二代测序-分别对blast和bwa比对结果进行统计比较-20230506
12-15
它通过Smith-Waterman算法的简化版本来实现快速比对，主要用于查询短片段（如ESTs或蛋白质序列）与大型数据库的比对。BLAST提供了多种版本，包括blastn（DNA对DNA）、blastp（蛋白质对蛋白质）和blastx（DNA对蛋白质...
ds数据与mysql_共识编码序列（CCDS）数据库的当前状态和新特征
weixin_39813009的博客
02-23 898
The Consensus Coding Sequence (CCDS) project (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/) is a collaborative effort to maintain a dataset of protein-coding regions that are identically annotated on the human a...
ncbi查找目的基因序列_NCBI gene: 基因相关信息查询
weixin_29821699的博客
01-03 6858
我们在进行基因相关研究的时候，如果要研究一个基因，那么首先要知道这个基因的一些基本信息，检索基因相关的网站还是很多的。其中比较出名的还是genecards。一个汇总的了很多数据库的的综合性基因查询网站。但是，这个网站只能检索和人相关的基因。其他物种的就不支持了。这次介绍的这个是ncbi旗下的gene数据库(对就是pubmed那个数据库，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ge...
optionsbuilder.isconfigured 一直为false_做「容量预估」可没有true和false
weixin_39998541的博客
11-30 338
我是一个着迷于产品和运营的技术人，乐于跨界的终身学习者。欢迎关注我哟～每周五早6点 按时送达～我的第「85」篇原创敬上​随着20年来互联网的蓬勃发展，一个软件系统所要面对的访问压力上限被逐渐提高。虽然如此，但是那些体量达到亿级或者是千万级的产品也只是少数公司的专属。对于整个行业里百万+的程序员群体来说，估计也就只有10%人有机会接触到这些“大系统”。所以，一提到容量预估，大家可能第一时间想到的是，...
基因ID
热门推荐
liufeichendi的专栏
12-16 2万+
各类基因ID转换基因ID分类 Ensembl的目标是为遗传学家，分子生物学家和其他研究人员研究我们自己的物种和其他脊椎动物和模式生物的基因组而提供集中的资源。Ensembl是几个知名的基因组浏览器之一，用于检索基因组学信息。 相似的数据库和浏览器还被发现在美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）(Entrez
ncbi查找目的基因序列_查找你想要的基因
weixin_29161719的博客
01-03 2912
做分子克隆，首要的，也是最最基本的，查找出你想要找的基因，包括原核，真核，真菌，病毒等，用途很多，可以基因比对，可以设计qPCR引物，可以找出编码区进行基因过表达。这些都是生物最基本的入门级操作。其中原核生物没有内含子，所以你查的基因，就是它的cDNA序列，而真核编码区要靠一点查找技巧。下面简单说一下最基本的方式在NCBI里面查找你要的基因1、以人G6PD为例。输入NCBI网址，直接百度NCBI查...
ncbi查找目的基因序列_如何利用NCBI查找某物种的特定基因CDS序列和蛋白序列
weixin_32290249的博客
01-03 1万+
一、 应用场景需要表达某物种的特定蛋白或基因二、 序列获取方法：1. 打开NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov）2. 点击下图红色箭头指示的下拉框3. 找到下图所示的“Gene”4. 选中“Gene”，在右边的搜索对话框中输入需要查找的基因名称。下图以 “DNA连接酶”为例，在对话框中输入 “DNA Ligase”，再点击最右边的Search。5. 出现如下页面，...
基于JavaWeb开发的Java+SpringMvc+vue+element实现驾校管理系统详细设计
央顺科技官方博客
09-24 1007
机遇与挑战始终并存。在开放的互联网平台面前，驾校预约管理系统的信息管理面临着巨大的挑战。传统的管理模式局限于简单数据的管理，无法适应不断变化的市场格局。在早期阶段，在将计算机技术和网络技术融入驾校预约管理系统数据管理方法之前，所有管理方式都通过人工操作完成了管理信息的。系统管理也都将通过计算机进行整体智能化操作，对于驾校预约管理系统所牵扯的管理及数据保存都是非常多的，举例像所有详细信息包括，管理员；首页、个人中心、学员管理、驾校教练管理、驾校车辆管理、预约管理、取消预约管理、驾校公告管理、系统管理。
Java Alibaba Druid 数据库连接池
miracle的专栏
09-24 788
在Java开发中，数据库连接池是性能优化的重要一环。而作为一款强大的数据库连接池解决方案，凭借其和对多种数据库的支持，成为了许多企业级应用的首选。本篇文章将介绍Druid的核心特性，并结合不同数据库的实际用法。
JPA+Thymeleaf增删改查
最新发布
y050505的博客
09-25 491
在使用JPA（Java Persistence API）和Thymeleaf作为模板引擎进行Web开发时，实现增删改查（CRUD）操作是一个常见的需求。下面，我将简要介绍如何使用Spring Boot框架结合JPA和Thymeleaf来实现这一功能。
基因注释与功能分析：GO数据库与KEGG通路
"基因注释相关的数据库" 基因注释是生物学研究中一个至关重要的步骤，它涉及对基因的功能、作用和位置等信息进行标准化描述。在这个领域，有两个主要的数据库被广泛使用，即基因本体数据库（Gene Ontology, GO）和...
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