EST gb转fa格式（genebank和fasta）与提取gtf的noncoding区域

两个程序比较简单，高手免看了，就是想保存一下，以后说不定直接就用了。。。

EST的数据库是genebank格式，找了一圈没发现转换的程序，就自己写了一个，还算可以，就是没有用多线程来做。。。

#!/usr/bin/env perl 
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

my %opt;
GetOptions(\%opt, "i=s", "o=s");

my $usage = <<"USAGE";

	Usage : perl $0 [options] <-i>
	ModifyTime : 09/10/2013
	Note: 

	Options:
	-i	input file
	-o	output file, default ./

	eg: perl $0 -i est.gb

USAGE

die $usage if(!$opt{i});

open IN, ($opt{i} =~ /\.gz$/) ? "gzip -dc $opt{i} |" : $opt{i} or die $!;
my ($id, $def, $str);
while(<IN>)
{
	chomp;
	if(/^\s+loci/)
	{
		next;
	}elsif(/^DEFINITION\s+(.*)/){
		$def = $1;
		while(my $line = <IN>)
		{
			chomp($line);
			if($line =~ /^ACCESSION\s+(.*)/)
			{
				$id = $1;
				last;
			}else{
				$line =~ s/^\s+/ /;
				$def .= $line;
			}
		}
	}elsif(/^VE