经验分享
vasp软件的输入文件包括INCAR,KPOINTS,POSCAR和POTCAR,其中INCAR为计算的设置文件,POSCAR为计算模型的结构信息,KPOINTS为网格密度设置,POTCAR为赝势信息。而在Quantum ESPRESSO软件包中,对于不同的计算任务则需要写入不同的in文件,如以pw.x计算结构优化和自洽时,所需in文件的内容则等同于包括了INCAR、POSCAR和KPOINTS,同时也需要指定好相关赝势的路径和文件名称。
由于pw.x所需in文件内容较为复杂,手动编写麻烦,这里借助vaspkit,将已有vasp输入文件快速转化为in文件
在转化之前准备好POSCAR、KPOINTS文件
借助于vaspkit的416功能
如果没有准备KPOINTS则会报错
生成的pwscf.In文件为模版内容,如有计算需要,则自行修改。
其中 pseudo_dir =和 ATOMIC_SPECIES位置在进行QE计算之前需要完全确定好。
&CONTROL
calculation = 'relax'
title = 'pwscf'
restart_mode = 'from_scratch'
outdir = './'
prefix = 'pwscf'
wf_collect = .true.
pseudo_dir = './'
etot_conv_thr = 1.0D-6
forc_conv_thr = 1.0D-6
tstress = .true.
tprnfor = .true.
/
&SYSTEM
ibrav = 0
nat= 20
ntyp= 4
ecutwfc = 50
ecutrho = 400
occupations = 'smearing'
degauss = 0.001
smearing = 'gaussian'
/
&ELECTRONS
electron_maxstep = 250
conv_thr = 1.0D-10
diagonalization = 'cg'
/
&IONS
ion_dynamics = 'bfgs'
pot_extrapolation = 'second_order'
wfc_extrapolation = 'second_order'
/
&CELL
cell_dynamics = 'bfgs'
press_conv_thr = 0.1
/
ATOMIC_SPECIES
P ATOMIC_MASS P_PSEUdo
S ATOMIC_MASS S_PSEUdo
Cu ATOMIC_MASS Cu_PSEUdo
In ATOMIC_MASS In_PSEUdo
K_POINTS { automatic }
5 5 2 0.000000 0.000000 0.000000
CELL_PARAMETERS (angstrom)
3.0713142534 5.3143103819 0.0000000000
-3.0713142534 5.3143103819 0.0000000000
-2.0331424593 0.0000000000 13.7129044246
ATOMIC_POSITIONS (crystal)
P 0.6120167299 0.8952915069 0.3337950929
P 0.5574443271 0.9513622495 0.1694800230
P 0.1047084931 0.3879832701 0.8337950929
P 0.0486377505 0.4425556729 0.6694800230
S 0.8701965644 0.9490888864 0.1305656946
S 0.9325699557 0.5448957766 0.3774602855
S 0.6580069895 0.1846603003 0.3789131289
S 0.2921182450 0.9100464945 0.3786027656
S 0.5295430290 0.6541199142 0.1292835356
S 0.2344427778 0.2906374998 0.1312045491
S 0.0509111136 0.1298034356 0.6305656946
S 0.4551042234 0.0674300443 0.8774602855
S 0.8153396997 0.3419930105 0.8789131289
S 0.0899535055 0.7078817550 0.8786027656
S 0.3458800858 0.4704569710 0.6292835356
S 0.7093625002 0.7655572222 0.6312045491
Cu 0.2902955674 0.5508846117 0.3647423517
Cu 0.4491153883 0.7097044326 0.8647423517
In 0.9123898369 0.2620767557 0.2361130171
In 0.7379232443 0.0876101631 0.7361130171
下面借用某中文智能语言模型对该in文件的解释:
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这段代码是一个用于进行密度泛函理论(DFT)计算的输入文件,使用Quantum ESPRESSO软件包进行处理。以下是代码中各个部分的功能解释:
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&CONTROL: 控制参数部分,指定了一些计算的控制参数,如计算模式(calculation)、标题(title)、重启模式(restart_mode)、输出目录(outdir)、前缀(prefix)等。其中,计算模式被设置为'relax',表示将执行结构优化计算;重启模式被设置为'from_scratch',表示从原始输入文件重新开始计算;输出目录和前缀指定了输出文件和日志文件的位置和名称。
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&SYSTEM: 系统参数部分,指定了模拟系统的参数,如晶格参数(ibrav)、原子数量(nat)、原子类型(ntyp)、能量截断(ecutwfc和ecutrho)、占据数(occupations)、自洽迭代收敛阈值(conv_thr)等。其中,ibrav设置为0表示使用默认的晶格类型;nat设置为20表示模拟系统中包含20个原子;ecutwfc和ecutrho分别表示平面波基组和密度泛函的能量截断。
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&ELECTRONS: 电子参数部分,指定了电子计算的参数,如电子最大步数(electron_maxstep)、自洽迭代收敛阈值(conv_thr)、对角化方法(diagonalization)等。
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&IONS: 离子参数部分,指定了离子计算的参数,如离子动力学方法(ion_dynamics)、势能外推方法(pot_extrapolation)、波函数外推方法(wfc_extrapolation)等。
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&CELL: 细胞参数部分,指定了晶胞计算的参数,如晶胞动力学方法(cell_dynamics)、压力收敛阈值(press_conv_thr)等。
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ATOMIC_SPECIES: 原子种类部分,定义了模拟系统中的四种原子类型,包括元素名称、原子质量和对应的pseudopotential文件。
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K_POINTS: k点部分,定义了布里渊区的k点采样。
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CELL_PARAMETERS: 晶胞参数部分,定义了晶格参数。
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ATOMIC_POSITIONS: 原子位置部分,定义了模拟系统中每种原子的位置坐标。
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这段代码主要的功能是进行密度泛函理论计算,并对一个包含20个原子的固体进行结构优化和性质计算。
愿有所成