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LAMMPS处理overlap atoms的几个命
如果我们给随机的初始条件,那么原子重叠是不可避免的。模拟的开始必须把重叠原子push开,否则模拟就无法进行了。这和能量最小化有区别,因为推开不一定能量就最小了。如何把原子推开呢,LAMMPS里大概有如下几种方面:pair_style soft command 加上 small timestep, soft style 势使系统即使原子坐标重叠力也不会无穷大,如果加上小的时间步,这样原子一次移动...原创 2018-10-14 08:49:31 · 3361 阅读 · 0 评论 -
分子动力学模拟技术研讨
科学研究手段中,计算机模拟已经与理论、实验方法已成三足鼎立之势。分子动力学的模拟方法已在物理、化学、材料、生物等学科得到广泛的应用。为更好的推广和传播模拟的方法与技巧。近期有个分子动力学模拟技术的研讨会和LAMMPS培训服务,分享给大家。详细信息可以到www.isimuly.com查看:http://www.isimuly.com/forum.php?mod=viewthread&tid=...原创 2018-10-08 20:15:36 · 1538 阅读 · 0 评论