分子动力学模拟视频

最新推荐文章于 2024-06-26 14:59:00 发布
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分类专栏： 云课堂 LAMMPS GROMACS 文章标签： LAMMPS GROMACS 分子动力学
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分子动力学模拟
TJS1269的博客
05-10 465
为了能更直观的对比出蛋白中二级结构的变化，分别对比了蛋白二级结构中Helix、Sheet、Turn和Coil的变化，结果发现，在BPQDs+2N0A+PBS体系中，Sheet明显减少，Turn和Coil明显增加，意味着加入PBS缓冲溶液的体系中蛋白的稳定性会减弱，结合前面的视图分析，蛋白结构稳定的减弱，使其更快速的与黑磷间相互作用，范德华能对比结果与表明其相互作用也更强。分别计算了两个体系中蛋白与黑磷间的静电能和范德华能，由于黑磷结构不带点，因此其与蛋白之间并未有静电作用，仅存在范德华作用。
来，了解一下分子动力学模拟（自学版）
yolo_2的博客
05-28 1877
分子动力学是一门结合物理，数学和化学的综合技术。分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。分子动力学模拟常用的软件：NAMD、GROMACS、Amber。蛋白质结构模拟主要基于分子模拟理论，概括为三个过程：第一步是建立一个可以描述蛋白质体系相互作用的模型；第二步是进行能量最小化以及分子动力学模拟；第三步是将计算结果进行分析。
分子动力学模拟(MD)
最新发布
编码时光
06-26 1079
一、分子动力学模拟(MD) MD模拟的统计力学基础 分子内和分子间相互作用 分子间相互作用模型 MD模拟的积分算法 二、分子力场类型 GAFF AMBER CVFF OPLS MMFF UFF Dreiding PCFF CFF CFF91 CFF93 ClayFF GROMOS-53A5 and 53A6 CHARMM CGenFF 三、分子动力学模拟软件 LAMMPS GROMACS AMBER Moltemplate OpenMM Tinker CHARMM
分子动力学模拟手把手教你
aa74159的博客
04-30 9544
如果你是AMBER的新用户 或对一般的分子动力学模拟毫无了解 可通过此教程入门. 教程简介 这个教程旨在介绍如何使用Amber进行分子动力学模拟，并假设您以前没有使用过Amber. 它专门为想要了解如何运行分子动力学模拟的新用户而设计. Amber简介 1 Amber 简介 AMBER 代表辅助的模型构建和能量精化(Assisted Model Building and Energy Refine...
动力学模拟
10-13
电子产品包（mockup原始可以用途），欢迎各位下载使用
分子动力学模拟的理论与实践 - 严六明.pdf
01-15
分子动力学模拟的理论与实践 - 严六明的电子版书籍
MS分子动力学模拟具体实施步骤
01-26
在材料科学和计算化学领域，分子动力学模拟是一种广泛使用的模拟技术，其目的在于研究和预测物质在分子水平上的行为。Material Studio是Accelrys公司开发的一款集成了多种计算化学和材料模拟工具的软件平台，其中的...
分子动力学模拟及其LAMMPS实现-讲义.pdf
05-21
分子动力学模拟及其LAMMPS实现-讲义.pdf 本资源是一个关于分子动力学模拟及其LAMMPS实现的讲义，涵盖了分子动力学基础、Linux系统常见命令和操作、LAMMPS介绍和并行版安装、LAMMPS模拟基本流程、建模和后处理软件...
分子动力学基础教程lammps
10-28
lammps分子动力学基础
分子动力学软件amber的权威网上教程pdf版
06-22
amber workshop tutorial(适用版本8-9) 分子动力学模拟软件amber的一个比较官方的教程，非常辛苦的从网上把一个个页面download下来后整理生成为pdf文件，感兴趣的童鞋可以拿去打印出来看，比在线一边看一边操作要省力。同时作为资料保存也不错。
分子动力学软件Amber18说明书
11-19
国际分子动力学软件Amber18，说明书。集成了GPU加速模块
LAMMPS实例_；分子模拟_lammps_lammps实例_分子动力学_lammps编程
09-10
LAMMPS在分子动力学模拟中提供了丰富的势能函数，如斯莱特型势、埃伦费斯特-范德华斯势、查普曼-恩克尔势等，以描述不同类型的相互作用，包括金属、半导体、液体、生物大分子等。 **LAMMPS实例**通常包含输入文件、...
分子动力学模拟的主要步骤
hdpai2018的博客
07-30 6523
本文来源：“分子动力学”公众号 原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/htX-p_gTb6TkdyoGuenjTw 1、确定起始构型 一个能量较低、结构合理的起始三维构型是进行MD模拟的第一步。生物大分子的起始构型主要来自实验数据，如X射线晶体衍射法或核磁共振波谱法测定的分子结构，或根据已知分子结构通过同源建模得到的结构等。体系中有机小分子的构型也可通过量子化学计算得到。 2、选用适当力场和模拟软件 选择适当的力场是进行MD模拟的基础。不同的力场具有不同的适用范围和局限性，需要根据
分子动力学模拟的原理及基本流程
weixin_40551464的博客
10-03 2459
结合目标分子、溶剂、离子和其他相关分子的分子结构，创建完整的系统。如果您的系统需要离子来保持电荷中性或模拟特定的离子条件（如盐浓度），则应添加离子并将其适当置于溶剂中。1、模拟原子之间的相互作用需要用到分子力场，分子力场U包括两大部分：成键相互作用和非键相互作用。使用分子可视化工具（如 VMD、PyMOL）和数据分析软件对模拟结果进行可视化和解释。在所需的集合（NPT 或 NVT）和条件（温度、压力和时间步长）下启动MD 模拟。模拟体系是被高度简化的，一般包括水、无机离子、蛋白质、（小分子）。
物理模拟---动力学模拟
xiaomin2sherry的专栏
08-27 845
早上起来身体真真是极度的不适呀。。。此刻的我难受的要死却还是这般老老实实的在实验室盯着这万恶的电脑屏幕。。哎。。。僧人们伤不起伤不起呀。。 物理模拟：是一个根据对象的物理属性自动确定其运动状态的过程。 实现方法：在一个强有力的有效引擎中封装一些物理法则，如牛顿运动定律，从而计算各个对象随着时间向前推进的位置。同样的道理，动画是由很多单独的图像或者帧组成的，物理模拟把时间分割成小的离散步
【Amber】分子动力学结果分析(二)PMF
qq_33953882的博客
05-24 2238
处理有偏采样轨迹 nfe-umbrella-slice [options] bias_potential.nc -h,–help Print out a usage summary -p,–pretend Only print out the basic properties of source without biasing potential data (off by default) -g,–gradient Print out the gradients (off by default) -r,–
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