模拟技术
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fix SMD计算自由能(PMF)之umbrella抽样
上次介绍了,非平衡做功的方法计算自由能,其实fix smd继承了fixspring的一些功能,也可以进行伞状抽样,进而用wham方法分析,获得比较好的自由能(PMF)曲线。umbrella方法是目前比较成功,且应用比较广的加强抽样方法,在定义反应坐标之后(可以是两个group的距离,或者某一方面上的距离),采用弹簧势限制位置进行抽样即可。伞状抽样,可以克服在高能垒下抽样不充分的缺陷。对于大粒子...原创 2018-09-26 09:39:40 · 7697 阅读 · 4 评论 -
LAMMPS-special bonds
新手们总是会困惑,LAMMPS为什么要提供special bonds这个独特的命令。因为在别的软件中,使用全原子力场,基本不会涉及到这个概念。在LAMMPS里面,这个参数特别重要,对应使用全原子力场做模拟的LAMMPS用户来说,稍有不慎,会错的离谱。那么special bonds到底是何方神圣,对模拟影响那么大呢(这里指全原子模拟),且听iSimuLy给你唠叨唠叨。对于这个问题的理解,首先我们大...原创 2018-10-08 20:12:24 · 2006 阅读 · 0 评论 -
LAMMPS处理overlap atoms的几个命
如果我们给随机的初始条件,那么原子重叠是不可避免的。模拟的开始必须把重叠原子push开,否则模拟就无法进行了。这和能量最小化有区别,因为推开不一定能量就最小了。如何把原子推开呢,LAMMPS里大概有如下几种方面:pair_style soft command 加上 small timestep, soft style 势使系统即使原子坐标重叠力也不会无穷大,如果加上小的时间步,这样原子一次移动...原创 2018-10-14 08:49:31 · 3406 阅读 · 0 评论 -
LAMMPS降(升)温的几个思路
模拟降温,有大致两种办法,一个是连续(升)降温,也就是dt间隔下不停的温度下降(升);第二种方法是准静态模拟降温,每降低一个温度,跑很长时间;这两种方法大家可以根据自己情况进行模拟。对于第一种方法,只需要进行fix nvt temp 1000 100 …的设置就行了,降温的快慢,由你run N 的N来决定。对于第二种方法提供如下思路,也就是使用循环的方法(升温,降温改小参数,+改成-就行啦):...原创 2018-10-14 08:47:58 · 2015 阅读 · 0 评论 -
GROMACS中的组概念
组,顾名思义,就是把某些具有相同特征的事物、或者需要加相同操作的事物放在一起,形成一个group. 在分子动力学模拟中,一般涉及到的组,其实就是把某些原子放在一起,或者建立一个索引(原子id)放在某个文件内,索引名相同的可以认为是一组。GROMACS的MD和分析程序可对用户自定义的原子 组 进行一些操作. 组的最大数目为256, 下面谈谈GMX中的组:1、温度耦合组 对每个组内的原子,可以单独...原创 2018-10-02 20:01:21 · 4292 阅读 · 0 评论 -
LAMMPS-用fix nve一定表示NVE系综的模拟么
最近QQ群里有部分小伙伴,问我关于命令和系综的事情,对命令和系综的理解没有到应有的地步,我记得之前在口说LAMMPS命令系列教程(优酷有视频可免费观看)中强调过此事。下面再说一遍。首先要声明的是,或者要强调的是:命令和系综没有直接联系,除非你的in文件里只有一个和系综相关的fix.我们知道,按统计物理的概念来讲,我们常用的模拟系综分NVE(表示系统粒子数、体积、总能量保持不变,是为微正则系综)...原创 2018-10-02 20:00:26 · 4157 阅读 · 3 评论 -
如何学分子模拟的软件
当今分子模拟已经成为很多领域学术研究的主流方法。多年前,因为计算量的原因,很多情况下,MC方法是首选,特别是只关心平衡体系,关心相边界行为的时候。随着计算资源的增加、计算成本的降低、一些研究对象的平衡态的体系已经几乎被做烂了,科研工作者慢慢关心动力学行为,非平衡特征,致力于发现新的现象,新的物理规律(总要有事做,有饭吃吧),于是MD越来越普及,用的人也越来越多。除了极端的方法学工作者,一般情况下...原创 2018-10-02 19:59:14 · 3586 阅读 · 0 评论 -
善用clear解决group数目限制
为了优化算法,lammps开发人员设置的Group数目是有限制的,总共32个,其中还包含一个默认的all group. 这导致很多使用者在定义Group大于32时,出现了麻烦。如何突破数目限制,这个修改源码也不那么容易,因为要改的代码不仅仅是group.cpp这一个。所以在当你的in文件出现超过32个的时候,要学会替代方法,比如说,可以分割in文件为多个文件,分步进行处理,或者使用clear命令...原创 2018-10-02 19:57:38 · 953 阅读 · 0 评论 -
LAMMPS降(升)温的几个思路
模拟降温,有大致两种办法,一个是连续(升)降温,也就是dt间隔下不停的温度下降(升);第二种方法是准静态模拟降温,每降低一个温度,跑很长时间;这两种方法大家可以根据自己情况进行模拟。对于第一种方法,只需要进行fix nvt temp 1000 100 …的设置就行了,降温的快慢,由你run N 的N来决定。对于第二种方法提供如下思路,也就是使用循环的方法(升温,降温改小参数,+改成-就行啦):...原创 2018-10-02 19:56:51 · 5969 阅读 · 0 评论 -
分子动力学、LAMMPS、GROMACS视频
科学研究手段中,计算机模拟已经与理论、实验方法已成三足鼎立之势。分子动力学的模拟方法已在物理、化学、材料、生物等学科得到广泛的应用。而这方面的教程并不多,给大家分享一个网络视频教程,微信扫描可以查看...原创 2018-10-02 19:53:13 · 3975 阅读 · 0 评论 -
LAMMPS安装全套解决方案
网络上有很多教程教大家安装,但大多有点老旧了,跟不上LAMMPS版本的发展。官网上有ubuntu系统下的预编译版,但完全不推荐;因为LAMMPS包含的包很多,不需要所有的都安装上。全安装上,在一定程度上会影响到计算效率,这有点像你去旅游,背了很多根本用不到的沙袋走路。在任何类Unix操作系统下安装软件,不外乎如下步骤:检查依赖包 2. 安装没有的依赖包 3.按说明安装软件,并设置路径下面...原创 2018-10-02 19:49:37 · 15077 阅读 · 1 评论 -
LAMMPS安装-给新手的建议
给初学者安装LAMMPS软件的建议:1)如果你无从下手,可以到优酷频道看免费的安装视频 iSimuLy的自频道-优酷视频;这样至少让你掌握安装流程2)安装时开始记得make no-all进行安装,如果生成可执行文件说明安装正确3)到LAMMPS官网,查看每个包的功能,然后安装一些自己需要的包,不要所有包都装上,这样执行时会变慢4)有些包需要先在 lib下安装支持包,否则通不过5)安装时,...原创 2018-09-26 10:42:53 · 10390 阅读 · 1 评论 -
自由能计算,PMF,伞形抽样,WHAM
分子模拟计算某一过程的自由能被称分子模拟领域的4大难题之一。大概因为自由能的概念比较令人困惑。下面侃侃我的理解,大家拍砖。。要说自由能,先说它和它兄弟“能量”的差别。做过模拟都知道,一个被模拟的体系,不论是NPT,还是NVT,它有总能量,这就是内能。内能分为动能和势能两项,势能项还能分解成很多子项,键能,非键作用能,等等,一清二楚的;模拟是否平衡,总能量是否守恒,Plot一下总能,一清二楚的。可...转载 2018-09-26 10:39:24 · 8655 阅读 · 3 评论 -
LAMMPS命令行-partition选项的理解
LAMMPS在命令行部分,设置了partition选项,并且在in文件中设置了partition命令来进行辅助处理。一般来说,partition命令用的不多,下面主要介绍下下-partition(或-p)命令行参数的意义和设置。-partition用于唤醒lammps采用多分块模式,这个分块是指把计算用的cup进行分块划分。假设你在并行时用 -n指定了p个CPU内核。那么如果不设置-p,那么...原创 2018-10-08 20:18:53 · 1100 阅读 · 0 评论