LAMMPS安装全套解决方案

网络上有很多教程教大家安装,但大多有点老旧了,跟不上LAMMPS版本的发展。官网上有ubuntu系统下的预编译版,但完全不推荐;因为LAMMPS包含的包很多,不需要所有的都安装上。全安装上,在一定程度上会影响到计算效率,这有点像你去旅游,背了很多根本用不到的沙袋走路。

在任何类Unix操作系统下安装软件,不外乎如下步骤:

  1. 检查依赖包 2. 安装没有的依赖包 3.按说明安装软件,并设置路径

下面就具体介绍安装步骤:

Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包,都包含哪些呢?你可以到你lammps源程序下的src/MAKE/MACHINES下找到Makefile.ubuntu文件; 用文本浏览软件打开它(命令行也行,比如 less Makefile.ubuntu)。
你会看到前10行有依赖包的介绍。 2016版的如下(版本有变,可能依赖包会有变化,大家都可以找到这个文件打开看看):

ubuntu = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, FFTW3

you have to install the packages g++, mpi-default-bin, mpi-default-dev,<

深度势场(DeepMD)与LAMMPS的集成需要一些步骤来进行安装。以下是安装DeepMD和LAMMPS的一般步骤: 1. 安装LAMMPS:首先,您需要安装LAMMPS分子动力学软件。您可以从LAMMPS官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载源代码,并按照官方提供的指导进行编译和安装。 2. 安装DeepMD-kit:DeepMD-kit是一个用于构建深度学习势场模型的工具包。您可以从DeepMD-kit的GitHub页面(https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit)获取源代码。按照README文件中的指导进行安装。 3. 配置LAMMPS和DeepMD-kit:在安装完成后,您需要将DeepMD-kit与LAMMPS集成。为此,您可以使用LAMMPS的“USER-DEEPMD”软件包。进入LAMMPS源代码目录,找到“src”文件夹下的“MAKE”文件。在该文件中,您需要取消注释或添加以下行来启用“USER-DEEPMD”软件包: ``` # USER-DEEPMD package package user-deepmd deepmd ``` 保存并关闭文件,然后按照LAMMPS官方文档提供的指导重新编译和安装LAMMPS。 4. 配置DeepMD-kit:接下来,您需要在DeepMD-kit中配置DeepMD-LAMMPS插件。进入DeepMD-kit源代码目录,找到“examples”文件夹下的“lammps”文件夹。将其中的“liblammps_deepmd.so”和“deepmd”文件夹复制到LAMMPS安装目录下的“lib”文件夹中。 5. 测试安装:完成上述步骤后,您可以使用LAMMPS运行包含DeepMD势场的模拟。您可以参考LAMMPS和DeepMD-kit的文档和示例来深入了解如何配置和运行模拟。 请注意,以上步骤只是一般指导,具体安装过程可能因操作系统、编译环境和软件版本而有所不同。在安装过程中,请仔细阅读相关文档并遵循官方指南。
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