分子动力学、LAMMPS、GROMACS视频

最新推荐文章于 2024-12-09 16:49:53 发布
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分类专栏： 模拟技术 文章标签： LAMMPS GROMACS 分子模拟
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科学研究手段中，计算机模拟已经与理论、实验方法已成三足鼎立之势。分子动力学的模拟方法已在物理、化学、材料、生物等学科得到广泛的应用。而这方面的教程并不多，给大家分享一个网络视频教程，微信扫描可以查看

LAMMPS/GROAMCS/分子模拟

分子动力学仿真软件：LAMMPS_（1）.LAMMPS基础介绍
kkchenjj的博客
03-11 935
选择力场类型 pair_style lj/cut 2.5 # 设置力场参数 pair_coeff 1 1 1.0 1.0LAMMPS的二次开发允许用户扩展其功能，例如添加新的力场、计算方法和分析工具。编译LAMMPS的源代码：确保源代码编译成功。添加新的模块：编写新的代码并集成到LAMMPS中。修改现有模块：根据需要修改现有的代码。编译和测试：重新编译LAMMPS并测试新功能。
分子动力学概念简介与系列序章——分子动力学仿真及其在离子阱中运用 学习与实践分享第1.0
Peace__mind的博客
02-28 2308
关于分子动力学是什么和本系列的flag
Gromacs分子动力学模拟流程概述
weixin_30808575的博客
11-05 2751
Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤，不同的体系步骤可能略有不同。 在开始之前，先简单了解一下预平衡： 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样，然后计算体系的能量，各种化学键，成分分析等等。打个比方说，我们有一个蛋白质，我们想将它放入一种溶液中（可能是水，也可能不是），然后看看这个体系的能量如何变化，蛋白质的化学键，与水分子形成的氢键等等信息，那么我们需要将蛋白质放入溶液中，...
仲辛醇/水体系的界面现象——Lammps与Gromacs计算结果对比
专注于含表面活性剂体系的界面现象研究.
05-13 2053
采用Lammps和Gromacs软件对仲辛醇/水体系的界面现象进行分子动力学模拟，采用SPC/E水模型，首先对体系进行能量最小化，减少分子间的不合理重叠现象，消除应力. 接下来将模拟盒子扩大至20×6×6 nm^3. 在NVT正则系综下运行10ns，观察表面活性剂/水体系是否产生表面现象.
gromacs-分子动力学
y2715163545的博客
04-26 2488
分子动力学可以解决和研究DNA的折叠和性质、蛋白与配体的识别机制、跨膜蛋白的工作机理、蛋白酶与底物的反应、蛋白与蛋白的耦合、比较野生型与突变蛋白的不同特性、蛋白折叠的机制问题（控制温度，使蛋白自行折叠和去折叠）等。2、力场介绍：AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS；4、模拟基本流程：能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟。5、计算化学基本概念：范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面。4、 分析溶剂分子扩散速率、分子间的氢键的数目、距离或角度。
LAMMPS计算热导率讲解、代码最全资源（含视频教程）
04-28
LAMMPS计算热导率讲解、代码最全资源
LAMMPS教程
12-25
LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。LAMMPS可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供支持多种势函数。且LAMMPS有良好的并行扩展性。 一般特点 支持并行计算 分布式内存MPI spatial-decomposition of simulation domain for parallelism LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到
purewater_lammps_lammps水分子模拟
09-11
LAMMPS是一款开源的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、化学、物理等领域的研究，能够处理大量粒子的系统，包括但不限于原子、分子、离子、生物大分子等。 描述中提到的“lammps分子动力学模拟水分子”，意味...
计算机模拟物理-MD_数值模拟_分子动力学_
10-01
分子动力学（Molecular Dynamics, MD）是一种强大的计算方法，广泛应用于化学、物理、生物以及材料科学等领域。它基于牛顿运动定律，通过追踪大量粒子在时间上的运动轨迹来研究系统的动态行为。在这个主题中，...
LAMMPS分子动力学模拟技术与应用 第一性原理计算方法及应用
weixin_45811152的博客
10-29 8867
** 关于举办“分子动力学模拟及第一性原理计算方法与应用”系列培训班的通知 各有关单位: 分子动力学模拟、第一性原理计算被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学、电子学等领域。由于传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，能有效提高科研效率；分子动力学模拟、第一性原理计算能在很大程度上进行预测指导实验，在各领域的研究中发挥越来越重要的作用，相关的理论与计算方法...
LAMMPS与VASP实战培训：分子动力学与第一性原理计算详解
"计算能量数据-实用无机物热力学数据手册(第2版)" 是一本专注于介绍计算能量数据处理和分子动力学模拟技术的专业书籍，特别关注于LAMMPS软件的应用。该手册分为两大部分：一是理论基础，包括系综理论、主要算法介绍...
GRO2LAM:Gromacs到Lammps仿真转换器
05-25
python 2.7： GRO2LAM Gromacs到Lammps仿真转换器 版本 稳定的 GRO2LAM 1.25版（2019年1月27日）-测试版 Beta稳定 GRO2LAM版本1.3（2021年1月6日）-BETA-beta（兼容Python 3） wget https://raw.githubusercontent.com/hernanchavezthielemann/utils/master/grotolam/G2L_iBeta && bash G2L_iBeta :NEW_button: 新的功能 ： 自动加载“ itp”力场文件（包括侧面分子）的选项。 与一个以上的侧分子（例如水+离子+ ...）一起使用。 接受Ryckaert-Bellemans二面体，直接转换为opls二面Lammps样式。 在“ top”文件的二面角接受#define标记。 接受不正确的二面体类型。 （
lammps与vasp学习内容.pdf
04-20
第一性原理vasp和分子动力学lammps两个计算工具，方便发优质高分论文。 可查阅往年的论文发表量及发表质量
程序.rar_Lammps拉伸模拟_lammps_lammps单轴拉伸_lammps拉伸算例_碳纳米管
07-15
lammps软件模拟单臂碳纳米管单轴拉伸的算例
LAMMPS线上论坛视频合集
wohenaibaoluyao的博客
01-24 743
本文中集合了LAMMPS历次线上论坛的视频合集。点击题目到达具体页面。 （1）纳微界面亲和性对传递反应过程的影响机制研究 （2）DeepMD势函数训练讲解 （3）LAMMPS入门讲解 （4）水化硅酸钙的LAMMPS模拟 （5）超疏水表面气液界面滑移LAMMPS模拟交流视频 （6）热导率LAMMPS计算和各种后处理技巧 （7）水滴润湿的LAMMPS模拟 （8）反应力场介绍及有机分子热分解的LAMMPS模拟 （9）LAMMPS和VASP初级使用教程 ..
Gromacs 分子动力学 远程安装介绍 全网最详细的Gromacs安装前说明 该怎么选择合适的安装方式 Windows直接可用的Gromacs（预编译版）有什么危害？Gromacs安装需要准备什么？
GHZ2443063059的博客
02-04 5858
首先这个软件是Linux的软件，从官网提供的下载文件可以看出默认没有Windows可以直接用的版本，所以Windows的话要安装载体来安装Linux系统（Ubuntu/CentOs二选一），这个载体也就是WSL系统或者虚拟机，还有一种载体叫双系统，为虚拟机的升级版。
分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）
热门推荐
chaojFF的博客
02-23 2万+
本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。 模拟一般过程： 获取蛋白质结构文件 → 准备拓扑 → 选择力场 → 添加盒子、溶剂 → 添加离子 → 最小化能量 → 温度、压力平衡 → 开始模拟 → 分析结果 软件：gromacs2021 目录 1.准备蛋白质结构文件 2.准备拓扑、选择力场 3.添加盒子、溶剂 4.添加离子 5.最小化能量 6.温度、压力平衡 7.开始模拟 8.分析结果 开始 1.准备蛋白质结构文件 蛋白质结构文件（.pdb）可以从PDB.....
Gromacs动力学模拟
生物医学信息学博客
06-05 1万+
动力学模拟 实验要求： 实验对象：选取目标体系，可自行选择一个蛋白质体系，也可以用Modeller 建模最佳模型结构.pdb进行操作。 软件： Gromacs-5.1.2 www.gromacs.org (manual/ tutorial) 实验步骤： 加力场。 gmx pdb2gmx –h 打开帮助菜单。 选力场的时候选择 Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。 加...
网络药理学：分子动力学模拟：gromacs和Charmm-GUI模拟（前置准备、正式模拟、RMSD/RMSF/回旋半径gyrate/氢键/自由能形貌图/轨迹动图/MMPBSA等计算、结果可视化）
最新发布
shanshan的博客
12-09 2964
25.03.19二次修订：因超算平台软件变更，module load anaconda/2022.10 修正为 module load miniforge/24.1.2mol2pdbMDgromacs7w3小时3.2.1PDB ID7OVVMOL004004这是因为用软件导出的话会在文件开头添加软件相关的注释和说明，但和蛋白信息其实无关。而这些信息可能导致手动搭建体系（也就是我薛定谔专栏第一篇博客讲的传统体系）出问题，所以必须用文本操作只保留关键的原子坐标信息。这是为了防止直接分离导致原子序数不一样。
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