(学习笔记):Integrate domain knowledge in training multi-task cascade deep learning model

一、模块总览

        多任务级联深度学习模型(MCDLM),它整合了放射科医生的各种领域知识(DK),并使用多模态超声图像进行甲状腺结节的自动诊断。具体来说,我们在放射科医生的标记指导下,将 U-net 学习到的知识从源域转移到目标域,以获得更准确的结节分割结果。然后,我们将结节的超声特征 (UF) 量化为条件,以帮助双路径半监督条件生成对抗网络 (DScGAN) 生成更高质量的图像,从而获得更强大的鉴别器 。

  DK在该部分中的作用主要包括两部分:

(1)放射科医生的标记,

(2)结节超声特征(UF),其中UF包括TI-RADS描述的结节B超特征和弹性成像图像中的硬度信息 医生的标记在本模块中起到了辅助计算机训练与识别的作用而这个UF就是我们上一篇论文中后续使用的“DK” UF基于本模块中生成的nOU、nOB、nOE生成(之后继续讨论它的生成过程)。

 本文提出的MCDLM模型主要包括三个步骤:

(1)去除背景,提取ROI;(图片预处理工作)

(2)在放射科医生标记的指导下自动分割结节;(VGG13的uNet)

(3)获取DK特征;(基于处理后的结果以及TI-RADS(甲状腺超声检查TI-RADS分级)

(4)构建和训练DScGAN模型和S3VM进行特征提取和甲状腺结节分类。(上一篇论文重点在于该模型的后半部分)

二、预处理

(1)去除背景。原始超声图像含有大量对训练无益的干扰信息,如医院信息、超声设备参数等。由于背景区域和超声图像区域(灰色区域)之间的像素值为0,我们可以自动删除上述无用信息。最后,得到实际的超声图像区域.

(2)提取ROI。在去除无用的背景区域后,我们可以自动分离B-模式图像和弹性成像图像。我们首先获得弹性成像中RGB图像的位置信息(get c1位置),因为图片位置相互对应,我们可以自动get(c2)中的矩形框区域。 为了得到带有十字符号(c3)的结节ROI,我们首先通过直接缩放将(c2)与(b2)相匹配,然后根据矩形框的位置裁剪出包含十字符号(d3)的结节ROI

 (3)以矩形框的中心为中心,使用矩形框的较短边作为边缘,切出一个正方形的 ROI。这样就得到了OE patch、OB patch、OM patch.       由两位经验丰富的放射科医生的指导下手动分割 OM 贴片中的结节区域,OM patch中的非结节区域设置为0,定义为OS patch。这样后续工作所需要的所有组件都准备完毕.

三、VGG13 U-Net

           这部分使用 U-net作为分割甲状腺结节的初始网络。它由两条路径组成:收缩路径和扩张路径。为了缓解由于医学图像小数据集的限制而导致的网络过拟合,没有使用随机权重来初始化收缩路径,而是利用迁移学习,使用 ImageNet 上预训练的 VGG 13 来初始化收缩路径      

        在收缩路径中,Relu 激活函数层遵循每个卷积层。每个特征图都通过最大池化操作进行下采样,将特征图大小调整为原始大小的 1/2。      

        在扩张路径中,每一步都使用步长为2,内核大小为3×3的转置卷积,可以将特征图放大到原始大小的两倍,并将特征图中的通道数减半。          

        同时,我们可以看到每个转置卷积层的输出将与收缩路径中的相应特征图连接。拼接后的特征图被送入卷积层进行卷积运算,使得特征图通道的数量与收缩路径的对应部分相同。上采样操作重复五次。    

          这个过程中,使用 OM patch作为输入, OS patch作为已知基本事实来指导 U-net 进行训练。这将有助于 Unet 获得更准确的结节分割。 训练过程遵循 5 折交叉验证,将训练数据集随机分成 5 折。每次我们选择四个折叠进行训练,其余折叠进行验证,可以保证验证从未出现在训练数据集中

         关于结果 将 U-net 的输出概率图定义为 OU patch。由于OU patch中结节区域的像素值为255,我们从OU patch、OB patch和OE patch中提取一个可以完全封装结节区域的新方形ROI,定义为nOU patch、nOB patch、nOE patch。

 四、UF的get

       这些图展示的是一些TIRADS描述的B超图像中甲状腺结节的特征:尺寸、纵横比生长方向、边界特征、叶数、回声、囊性or实性。    

        将前文中得到的nOU patch、nOB patch、nOE patch,与TIRADS描述的B超图像中甲状腺结节的特征拟合最终得到2个UF,及后续DScGANs所使用的DK.

前文中“DK”的使用

 

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