LCWGS(2)在Linux服务器上安装FastQC

FastQC是一个高通量测序数据的质控工具。

下面介绍如何在Linux服务器上安装FastQC。

方法一：直接下载安装

1. 设置java环境

FastQC是一个java应用程序，因此在安装FastQC之前，要确保电脑已经安装java运行环境。可以看到我的服务器已有java环境，所以这里就不讲解java安装了。

2. 安装FastQC

进入官网，点击Download Now，找到FastQC对应的版本，右击并复制链接，然后在你想要的安装目录下下载并解压。

FastQC 官网：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

 

 解压完，实际上就已经安装完成了。检查安装是否成功。

3. 配置路径 

 为了方便FastQC的执行，这里在.bashrc文件中写入fastqc的安装路径（注意bashrc文件前面有个点）。

首先，进入home目录，并打开.bashrc文件。

 然后，添加如下语句，注意修改成自己的安装路径。

最后，保存退出， 使配置生效。

 

 安装完成。

需要说明的是，最后这一步实际上是给安装目录下的fastqc起了一个别名（alias），使得在任何位置都可以使用fastqc命令。另外一种方法是加入PATH环境变量，这里暂时先不做介绍。

方法二：利用conda 安装

FastQC 是java程序，很有可能java环境配置有问题，导致FastQC运行出错，所以这里介绍第二种方法，利用conda安装。

1. 进入conda环境

新建或进入已有的conda环境，这里我进入的是conda base环境。

conda activate

2. 利用conda 安装

利用如下代码进行安装，其中-c 为指定channal。

conda install -c bioconda fastqc

参考：

【1】bioconda/packages/fastqc 0.12.1 链接：https://anaconda.org/bioconda/fastqc

作者：贾思特

日期：2023-4-28