linux-ubuntu下fastQC的安装及使用

1.fastqc是在Java环境下运行的；所以在安装fastqc之前，Linux下要有相应的Java运行环境（JRE）.且java的版本应该在1.8.0版以上

2.java的安装：下载最新版本的Java，注意要下载带有JRE的版本。

3.解压：tar -zxvf java.tar.gz

4.cd java-1.8.0

5.进入java-1.8.0的目录，可以看到里面有一个叫jre的文件夹，jre里面有bin和lib子文件夹，将此二者的路径添加到.bashrc环境变量文件当中。就可以在任何路径下运行jre环境啦。

6.在下列网站上下载对应的fastqc压缩包：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

7.解压缩：unzip fastqc.zip

8.解压缩后生成了一个名为：fastqc的文件

9.cd FastQC 进入fastqc文件，可以看到里面有一个fastqc执行文件，

10.chmod 755 fastqc(将fastqc设置为可执行程序)

11.    ./fastqc即可运行fastqc程序。如想要在任何目录下运行fastqc程序，则需将fastqc程序的路径添加至环境变量.bashrc中即可。

12.fastqc infile

13.详细参数：fastqc -h

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