单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示

最新推荐文章于 2023-06-26 18:41:46 发布
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分类专栏： 单细胞 文章标签： 单细胞转录组 头颈鳞癌 NMF分析 数据预处理 可视化
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本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章：Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理好的测试数据，以及所有代码，一共6个脚本（我目前写得最详细的教程，也是全网少有的）。

数据的预处理就不演示了，预处理的代码存放在0.pre.R文件中。 以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比，和原文一致，说明前面的数据提取及处理是没有问题的。

最终的效果图如下：

在准备好数据之后，就可以开始NMF分析了。

请移步公众号阅读~ 因水平有限，有错误的地方，欢迎批评指正！

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