前言
下载组学数据一般为SRA文件格式,需要将其拆分为FQ文件格式,常用的工具是NCBI中的fastq-dump软件进行拆分。
但是,fastq-dump
软件只能使用单线程运行,速度非常慢。可以看教程转录组上游分析教程 | NCBI转录组数据的下载
**那么如何实现多线程快速拆分呢?**今天我们推荐大家使用pfastq-dump
工具,实现多线程运行,提供工作效率。
pfastq-dump安装
- 下载网址
https://github.com/inutano/pfastq-dump
- 安装
可以直接使用git clone
进行下载
$ git clone https://github.com/inutano/pfastq-dump
$ cd pfastq-dump
$ chmod a+x bin/pfastq-dump
- 下载源码安装包
https://github.com/inutano/pfastq-dump/releases
下载后解压,操作上同。
- 添加路径
将路径写到~/.bashrc
中,输入命令vim ~/.bashrc
。
PATH=$PATH:~/software/pfastq-dump/bin
- 运行
pfastq-dump -h
Usage:
pfastq-dump --threads <number of threads> [options] <path> [<path>...]
pfastq-dump option:
-t|--threads number of threads
-s|--sra-id SRA id
-O|--outdir output directory
--tmpdir temporary directory
Extra arguments will be passed through
Other:
-v|--version show version info
-h|--help program usage
pfastq-dump
使用与fastq-dump
一致
## 双端数据
pfastq-dump -t 58 --split-files *.sra
## 单段数据
fastq-dump -t 58 *.sra
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小杜的生信筆記 ,主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!