多线程解压SRA格式 | pfastq-dump工具

前言

下载组学数据一般为SRA文件格式，需要将其拆分为FQ文件格式，常用的工具是NCBI中的fastq-dump软件进行拆分。

但是，fastq-dump软件只能使用单线程运行，速度非常慢。可以看教程转录组上游分析教程 | NCBI转录组数据的下载

**那么如何实现多线程快速拆分呢？**今天我们推荐大家使用pfastq-dump工具，实现多线程运行，提供工作效率。

pfastq-dump安装

1. 下载网址

https://github.com/inutano/pfastq-dump

2. 安装

可以直接使用git clone进行下载

$ git clone https://github.com/inutano/pfastq-dump
$ cd pfastq-dump
$ chmod a+x bin/pfastq-dump

3. 下载源码安装包

https://github.com/inutano/pfastq-dump/releases

下载后解压，操作上同。

4. 添加路径
   将路径写到~/.bashrc中，输入命令vim ~/.bashrc。

PATH=$PATH:~/software/pfastq-dump/bin

5. 运行

pfastq-dump -h
Usage:
pfastq-dump --threads <number of threads> [options] <path> [<path>...]

pfastq-dump option:
-t|--threads         number of threads
-s|--sra-id          SRA id
-O|--outdir          output directory
--tmpdir             temporary directory

Extra arguments will be passed through

Other:
-v|--version         show version info
-h|--help            program usage

6. pfastq-dump使用与fastq-dump一致

## 双端数据
pfastq-dump -t 58 --split-files *.sra
## 单段数据
fastq-dump -t 58 *.sra

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小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!