生信软件29 - 三代数据高效映射精确的长读段比对工具mapquik

生信与基因组学

于 2024-08-09 22:46:08 发布

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分类专栏：生物信息学软件文章标签： linux 数据分析

本文链接：https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/141069771

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1. mapquik简介

mapquik是基于 k−min-mers的超快速读取映射器，它将三代测序PacBio HiFi长且准确的reads比对到参考基因组，在真实数据和模拟数据上，mapquik相比对minimap2速度快37倍。

github地址： https://github.com/ekimb/mapquik

github

2. 软件安装

# linux
git clone https://github.com/ekimb/mapquik.git
cd mapquik

# 安装rust，installion options按enter键默认即可
curl -sSf https://sh.rustup.rs | sh
echo "export PATH=$HOME/.cargo/env:$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

# 安装mapquik
rustup install nightly
cargo +nightly build --release

3. 基本用法

mapquik采用单个gzip压缩或未压缩的FASTA/FASTQ输入作为输入，输出是一个常规的PAF文件。

mapquik <reads.fq> --reference <reference.fa>

4. 比对示例

# 运行example模拟数据
cd example && bash run_ecoli.sh
bash simulate_pbsim.sh && bash run_ecoli_full.sh

# 下载示例fastq
wget https://storage.googleapis.com/brain-genomics-public/research/deepconsensus/data/v0.3/assembly_analysis/fastqs/HG002_24kb_2SMRT_cells.dc.v0.3.q20.fastq.gz

# 解压
gunzip -c HG002_24kb_2SMRT_cells.dc.v0.3.q20.fastq.gz | grep -v TOTAL > dc.hg002.fastq

# 比对
mapquik dc.hg002.fastq --reference reference.fa -p mapquik-dc