VASP+Multiwfn+VMD绘制静电势图

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  分子周围某一点的静电势通常被定义为将一个单位正电荷从无穷远处移动到这一点所需做的功。简单地讲，如果不考虑其他因素，当分子周围空间某一点静电势为正值时，意味着这一点对正电荷是排斥的；相反，如果某一点静电势为负值时，则意味着这一点对正电荷是吸引的。表面静电势是指在分子周围某个曲面上静电势的分布, 通常我们会使用电子密度的等值面。亲核性指某物质向其他分子或离子贡献电子的能力，亲电性指某物质从其他分子或离子获得电子的能力。红色代表低静电势，表示这一区域更容易给出电子，或者说相对于其他区域更具有亲核性；而蓝色代表高静电势，表示这一区域更容易获得电子，相对于其他区域更具有亲电性。也有人用红色代表高静电势，蓝色代表低静电势。本文以H₂O为例演示根据VASP的输出文件用Multiwfn+VMD绘制静电势图。

一、使用Multiwfn获得cub文件

  CHGCAR中保存的信息为电荷密度ρ*晶胞体积V信息，LOCPOT中包含单电子感受到的势场信息，即静电势的负值。只有在VASP的INCAR中加入LVHAR=.TRUE.才可以产生LOCPOT文件。CHGCAR拖入Multiwfn的命令行中回车会提示进行单位的转换，输入y，选择13号功能的0号指令，按照提示输入保存路径即可生成cub文件，默认保存在Multiwfn.exe文件所在的目录中。重新打开Multiwfn.exe，LOCPOT拖入Multiwfn的命令行回车，这里转换成静电势，后面操作同CHGCAR。这样就得到了CHGCAR.cub和LOCPOT.cub。

二、使用VMD绘制静电势

  启动VMD，然后执行以下操作。Display - Orthographic, Display - Depth Cueing将雾化关掉，Display - Axes - Off关闭坐标轴，Display - Rendermode - GLSL。将CHGCAR.cub拖进VMD Main窗口载入之，然后在出现的项目上点右键选Load Data into Molecule，点Browse，选择LOCPOT.cub，点Load载入之，再关闭窗口。注意，VMD不支持中文路径。

  Graphics - Representation，Drawing Method设为CPK。点Create Rep新建用于显示等值面的层，Drawing Method设为Isosurface，Vol右边的选项改为 CHGCAR.cub，Draw右边的选项改为Solid Surface，Show右边的选项改为Isosurface，Isovalue设为0.1，Coloring Method改为Volume，右边的选项改为LOCPOT.cub，Material改为Transparent。点Trajectory标签页，Color Scale Data Range下面两个框分别输入0和1，之后按回车（别输入一个后就按回车，必须两个都输入完再按一次回车）。color scale data range就是色彩刻度的下限和上限对应的数值，通常上下限不会设置为静电势的最值，而是设置为介于中间的值，以增加区分度。回到主界面Graphics-Colors，选Display-Background-White将背景改为白色，并且在此界面的Color-Scale标签页里选择RWB，并调节Offset和Midpoint的值，使分子表面的色彩根据数值范围由小到大以红-白-蓝的方式变化。Graphics - Materials，选Transparent，把Opacity一项往右拉，使得填色等值面透明度降低，从而令表面的颜色更明显。

三、添加Color bar

  Extensions-Visualization-Color Scale Bar，设置Color bar 的长和宽，Display title选on并且将Color bar title里写上ESP (a.u.)，Minimum和Maximum scale value填写的值与Color Scale Data Range保持一致，Number of axis labels输入5，Color of labels选black，Label format选Decimal。然后点Draw Color Scale Bar按钮，色彩刻度就出现在画面中了，并且VMD Main窗口中多出了一个名为Color Scale Bar的一项。然后调整它的大小和位置，即双击VMD Main窗口中Color Scale Bar那一项当中的F标签使之变为红色（即不让色彩刻度轴在画面中的位置冻结），而双击其它项目的F标签使之变为黑色（让它们的位置冻结住）。

  点击VMD的OpenGL图形窗口，按t键进入平移模式，然后拖动鼠标将色彩刻度轴放置到合适位置，并且用鼠标滚轮调整它的大小，再按r键恢复旋转视角模式进行调整。然后用同样的方法调整水分子的位置。每当静电势颜色被修改时，必须重新绘制颜色图例。

三、导出图片以及保存视图

  将显示窗口最大化，适当放大模型，然后File-Render，Render the current scene using选择Tachyon，Start Rendering导出高分辨率图像。默认导出到VMD的安装目录。下面是我导出来的静电势图。如果觉得分辨率太低可以参考这里设置分辨率：http://bbs.keinsci.com/thread-9178-1-1.html

  为了方便下次修改，可以通过File-Save Visualization State将视图保存成后缀为.vmd的视图文件。下次编辑需要通过File-Load Visualization State打开视图文件。打开后看到的视图与之前绘制的视图可能并不完全一致，对照前面的操作进行设置即可。

参考资料
1、http://blog.molcalx.com.cn/2018/12/19/gaussian-esp.html
2、http://sobereva.com/196
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