lammps案例：npt系综练手，H2压缩模拟

最新推荐文章于 2024-04-27 19:20:59 发布

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分类专栏： lammps教程文章标签： lammps

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上一篇文章中介绍了npt系综的设置方法，本文给出一个lammps模拟氢气压缩的案例，熟悉npt系综的设置方法。
在这里插入图片描述

模拟温度300k，压强100GPa，在该条件下，氢气应该为固态。
在MS中建立H2模型，共包含1000个H原子，导出H.car，使用msi2lmp软件转化为H.data文件。
H原子之间作用力使用LJ势描述，H-H键作用力使用harmonic势，具体参数在H.data文件中。
模拟源代码为：

#模拟参数设置
variable	t equal 300
variable	p equal 1000000
units		metal
boundary	p p p
atom_style	full
neighbor        0.2 bin
timestep	0.0001
neigh_modify	ev

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lammps教程：实例讲解npt、nvt系综的选择

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对于lammps新手来说，系综的选择令人困惑，到底是应该用nvt系综还是npt系综？我在初学lammps时就被这个问题困扰了很久。如果去问别人，可能会告诉你一个答案：根据模拟需要确定。其实和没说一样。到底如何确定系综，确实不是一句两句能够说清楚的，不同的体系、不同的模拟目的要选择不同的系综。前几天遇到的一个合金的模拟案例，比较有代表性，分享出来供大家参考。建模方法和之前介绍过的高熵合金建模方法类似，先建立单晶模型，然后使用替换原子的命令获得合金结构。建模完成后，按照常规，先上nvt系综进行驰豫

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【lammps】：nve/nvt/npt系综设置方法

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大家好，我是小马老师。在进行lammps模拟时，不同units下同一个物理量的单位有所不同。例如，在metal单位下，压强的单位为bars。在real单位下，压强的单位为atmospheres。一般在处理结果或者设置压强时，用的单位为GPa。这就需要进行单位转换，今天介绍两个能够快速进行压强单位转换的网站。 bar转换为GPa https://www.convertunits.com/from/bar/to/GPa 界面比较简单，直接在输入框内输入Gpa或者bar，即可转换为另一单位下的压强

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要在Windows系统上运行LAMMPS案例，您需要遵循以下步骤： 1. 下载和安装LAMMPS软件：您可以从LAMMPS官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载LAMMPS软件，并按照官方文档中的说明进行安装。 2. 下载案例文件：LAMMPS官方网站上提供了多个案例文件，您可以从中选择您感兴趣的案例文件进行下载。 3. 准备输入文件：每个案例文件都需要一个输入文件，您需要根据案例文件中的说明，编写相应的输入文件。输入文件通常是一个文本文件，其中包含了模拟的参数、分子结构、模拟时间等信息。 4. 运行LAMMPS：在Windows系统中，您可以通过命令行界面运行LAMMPS。打开命令行界面，并进入LAMMPS的安装目录。输入以下命令来运行LAMMPS： lmp_serial -in input_file 其中，input_file是您准备好的输入文件的名称。 5. 查看结果：LAMMPS模拟运行完毕后，会生成一个或多个输出文件，其中包含了模拟的结果。您可以使用文本编辑器或者可视化软件来查看这些输出文件，以了解模拟的结果。注意：在Windows系统中，LAMMPS的运行可能需要一些额外的配置和设置，具体操作可以参考LAMMPS官方文档或者相关论文。