lammps教程:实例讲解npt、nvt系综的选择

对于lammps新手来说,系综的选择令人困惑,到底是应该用nvt系综还是npt系综?

我在初学lammps时就被这个问题困扰了很久。如果去问别人,可能会告诉你一个答案:根据模拟需要确定。

其实和没说一样。

到底如何确定系综,确实不是一句两句能够说清楚的,不同的体系、不同的模拟目的要选择不同的系综。

前几天遇到的一个合金的模拟案例,比较有代表性,分享出来供大家参考。

建模方法和之前介绍过的高熵合金建模方法类似,先建立单晶模型,然后使用替换原子的命令获得合金结构。
在这里插入图片描述

建模完成后,按照常规,先上nvt系综进行驰豫。

驰豫完成把dump文件下载下来放到ovito里查看,发现结构出现问题。
在这里插入图片描述

合金内部出现了很多空洞,在正常情况下,合金不可能出现空洞。

一开始猜测可能是势函数问题,重新下载了一个势函数,上机运行,症状依旧。

既然不是势函数问题,那还是要分析一下原因。

在nvt系综下驰豫,box体积保持不变,原子在力的作用下抱团收缩,原子之间的距离变小,原子总体积小于box体积,从而产生空洞。

这种情况下就不能再用nvt进行驰豫。
npt系综根据原子总体积的变化自动调整box的尺寸,比较适合当前的体系,于是把nvt改为npt。
在这里插入图片描述

在npt下驰豫后发现合金在开始阶段有比较大的收缩,收缩之后空洞消失,得到比较致密的合金组织,完美解决问题。

多数情况下,用nvt系综进行驰豫即可,但部分体积变化比较大的体系,用npt系综进行驰豫效果会更好。

问题的答案又回到原点,假如别人问你如何选择系综,优雅地告诉他“根据具体情况而定”,这答案准没错。

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LAMMPS(大型原子/分子并行仿真器)是一个用于原子/分子系统的可扩展的分子动力学模拟软件。在LAMMPS中,除了分子动力学(MD)模拟外,还可以使用蒙特卡洛(MC)方法进行模拟。 蒙特卡洛吸附是一种通过模拟空气中气体分子在固体表面吸附的现象来研究吸附过程的方法。在LAMMPS中,可以使用MC方法来模拟蒙特卡洛吸附。下面将以吸附氢气分子在金属表面上的实例进行说明。 首先,需要定义表面和气体分子的力场参数,并设置模拟的温度和压力。然后,在模拟开始时,将金属表面的各个原子位置确定,并随机在表面上选择一个吸附位点。然后,从气相中选择一个氢气分子并在吸附位点进行吸附。在模拟中,将进行一系列的MC步骤,通过随机改变氢气分子位置以及在金属表面扩散的概率来模拟吸附和扩散过程。每个MC步骤后,通过计算系统的能量和吸附分子的位置来确定模拟系统的状态。模拟过程中通常会记录吸附分子的覆盖度、吸附在不同位点的分子数以及吸附分子的扩散系数等信息。 通过多次重复模拟可以得到吸附过程的统计信息,比如吸附等温线(吸附覆盖度与压力的关系)和吸附分子扩散动力学等特性。这些信息可以帮助研究人员理解和预测吸附过程中的相互作用、吸附能和扩散动力学等重要参数,并为设计吸附材料或优化吸附分离过程提供指导。 总之,LAMMPS中的蒙特卡洛吸附实例是通过模拟气体分子在金属表面上的吸附和扩散过程,通过一系列的MC步骤来模拟吸附过程,并得到吸附等温线和扩散动力学等统计信息,以便研究和优化吸附过程。

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