msi2lmp不能用，mpi不能连接主机，解决办法看这里

最新推荐文章于 2025-01-06 23:53:36 发布
最新推荐文章于 2025-01-06 23:53:36 发布
阅读量2.7k 收藏 3
点赞数 1
分类专栏： lammps教程 文章标签： lammps msi2lmp
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/lammps_jiayou/article/details/119848411
版权

大家好，我是小马老师。
上一次推文中给出了windows系统下并行版的lammps安装视频，在咨询过程中发现，还是有小伙伴在安装过程中存在某些问题，导致在使用过程中出错不能正常运行。
下面给出几种常见的运行错误以及解决方法。
1. mpi注册错误
使用mpiexec命令时，提示不能连接到主机：
在这里插入图片描述

这种错误是因为在mpi安装过程中，需要运行wmpiregister.exe进行用户注册，如果省略这步，或者注册的用户名及密码和登录windows的用户名及密码不对应，在运行时会出错。
解决办法：重新运行wmpiregister.exe进行用户注册。
2. msi2lmp不能用
msi2lmp是lammps自带的一个模型转换工具，可将MS模型转换为lammps可读取的data文件，使用频率较高。
在这里插入图片描述

在使用时，如果出现“Cann

了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
lammps建模技巧：msi2lmp转换data文件结构错位解决办法
lammps_jiayou的博客
12-15 4049
大家好，我是小马老师。 本文讲解lammps data文件处理技巧。 在MS建模后，需要使用msi2lmp把car类型的文件转为lammps data文件，具体的方法已经介绍过多次： 但是，有时候模型在ms中显示没有问题，但是转换为data文件后结构会发生变化。 如下图模型是在ms中建立的纳米流体的一个模型： 转为data文件后，结果为： 本来三层的结构，现在变成了4层。 主要原因是在转换过程中，整体结构沿z方向发生了偏移，在周期性边界条件下，产生了看似混乱的结构，实际上，原子之间的相对关系并没有出错。
【LAMMPS学习】三、构建LAMMPS(4)基本构建选项
荷塘阅色
03-20 1170
同样， -C ../cmake/presets/intel.cmake 应将编译器工具链切换到旧版 Intel 编译器， -C ../cmake/presets/oneapi.cmake 将切换到基于 LLVM 的 oneAPI Intel 编译器， -C ../cmake/presets/pgi.cmake 会将编译器切换到 PGI 编译器。的标准并行构建假定使用 MPI 编译器包装器进行标准 MPI 安装，其中所有必需的编译器和链接器标志均由包装器程序设置，以访问和链接合适的 MPI 标头和库。
[Lammps] 用msi2lmp命令转换.data文件遇见的问题
weixin_43011746的博客
12-21 2707
一般在Lammps安装包文件夹的：/software/lammps-23Jun2022/tools/msi2lmp/frc_files。通过MS保存为car文件，执行命令：./msi2lmp.exe SWNT-3 -frc cvff -i > SWNT-3.data。是无法获得力场参数，但是如果只为了获得键连参数的话没有问题。如果要获得参数，可以阅读文献找到力场参数。把参数为0的改成力场参数。
msi2lmp.exe
05-01
通过Material Studio软件简历的模型文件，然后按照文章造作步骤，利用该程序资源进行转换，亲试没有问题！
lammps自带工具msi2lmp的使用详解
weixin_45192240的博客
05-31 5273
输入make编译安装此工具，生成msi2lmp.exe运行文件。（因为msi2lmp这个工具只能处理cvff等少数几个力场，其实此时的力场是无所谓的，后面的in文件或者reaxff的力场文件都可以再施加你所需要的立场，这里只需要把模型文件弄出来就行）（ -i 是为了忽略缺失化学键等信息的报错直接生成.data文件，注意这里我们只需要吧原子坐标的信息弄下来，所以可以忽略这种报错）msi2lmp工具的用途：将Material Studio中建好的模型转化成能够运行的.data文件。2、计算结果输出选择。
【Lammps】MS将cif通过msi2lmp.exe转为data文件
zhangguoliang624的博客
01-06 1802
在Materials Studio中打开cif文件，在Modules工具行选择Forcite>calculation>Energy中选用cvff力场，点击more，不要运行run，在more中取消勾选calculate automatically，点击calculate，然后叉掉后在file>export导出car文件，同步生成了mdf文件。对于MS中没有的立场，选择之后点calculate会报错，右键选择label，然后根据Forcite选择原子，会发现有力场的有标号，没有力场的MS没有对选择标号。
使用msi2lmp和materials studio导出复杂结构的data文件的报错：Unable to find bond data for XXX，Unable to find oop data
jiaoaodechunlv的博客
12-17 3472
使用msi2lmp和materials studio导出复杂结构的data文件的报错：Get force field parameters for this system
msi2lmp常见问题
03-21
### msi2lmp 工具的常见问题及解决方案 #### 1. **无法打开 `\frc_files` 文件** 当用户尝试运行 LAMMPS 并使用 `msi2lmp` 转换工具时，可能会收到错误提示：“Cannot open ……\frc_fiels”。这通常表明环境变量未...
《lammps中文教程》第3版发布，600页16万字
lammps_jiayou的博客
05-23 3439
因为内容太多，查找起来也不是很方便，建议使用“搜索”功能，当需要查找某个方面的内容时，“Ctrl+F”打开搜索框，输入查找内容即可。5.24 “atoms are time integrated more than once”警告，常见三种原因及解决办法。1.31 compute temp/partial ,compute temp/com 温度修正。教程大约半年左右更新一次，本次为第3版，总页数600页左右，分上中下三册，每册200页。1.41 msi2lmp不能用，mpi不能连接主机，解决办法看这里。
lammps命令大全与建模技巧详解
- 文档还包含了MSI2LMP问题的解决方案，当MSI工具无法正常使用或MPI连接主机时的调试技巧；以及如何增加真空层、调整模拟盒尺寸的change_box命令的用法；以及两个用于提高模拟精度的温度修正命令。 4. 其他辅助...
linux系统删除lammps任务,首先你的电脑里要有Linux系统然后安装LAMMPS必须的程序软件.PDF...
weixin_34456422的博客
04-28 1074
首先你的电脑里要有Linux系统然后安装LAMMPS必须的程序软件首先你的电脑里要有 Linux 系统,然后安装 LAMMPS 必须的程序软件,LAMMPS是用 C++ 语言开发的,所以你一定要安装 C/C++ 语言的编译器,我用的是 gcc 和g++,LAMMPS 的部分库函数是用 Fortran 语言编写的,我用 gfortran 来编译这部分代码。当然还有很多其他版本的编译器,可以根据实际环...
LAMMPS 安装
资源备忘
10-10 2404
http://www.hpcadvisorycouncil.com/forums/viewtopic.php?f=4&t=627 使用intel编译器安装lammps LAMMPS by shainer on Tue Dec 14, 2010 11:46 pm Download LAMMPS at: http://lammps.sandia.gov/tars/ Dow
11. 利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2
m0_46352610的博客
06-12 3546
上篇利用Material Studio(MS)完成了PE体系（2条C150H300链）的建模和优化平衡（几何优化、模拟退火、动力学平衡）工作，本文借助msi2lmp工具将其转化为Lammps所支持的文件格式。
LINUX安装Lammps出现错误,并行运行lammps出现错误！！求大神支招！
weixin_33622555的博客
05-15 1213
该楼层疑似违规已被系统折叠隐藏此楼查看此楼rhel 6.5 并行安装lammps，已经安装完成，但是无法并行运算，出现错误：[root@host iccif]# mpirun -n 4 ./lmp_linuxoutFatal error in MPI_Bcast: Other MPI error, error stack:MPI_Bcast(786).........................
Windows下MPI启动
qq_41919578的博客
06-05 4139
一、单机测试。 1、命令行方式：（） 注册：mpiexec -register 输入你当前登陆帐户名和密码，不注册的话每次执行程序都要求输入帐户和密码。 运行：1，mpiexec -n 2 helloworld.exe 这里用两个进程执行当前目录下的helloworld.exe 2，mpixec –localonly 2 helloworld.exe 用两个进程执行当前目录下的helloworld.exe 2、GUI方式： 注册：开始菜单=>所有程序=>MPICH2/ wmpi.
window下安装MPI
luyunliang89的博客
11-09 3543
1.运行mpich2-1.4.1p1-win-x86-64.msi，采用默认设置和默认安装目录。 2.安装完毕后，需进行注册，右击 “C:\Program Files\MPICH2\bin\wmpiregister.exe”  ,以管理员身份运行。填写计算机的用户名和密码。（计算机的账户名使用控制面板中的用户账户下的本地账户的名字，不要右击我的电脑使用计算机名，这步填写有误，在使用MPI的过
Ubuntu 16.04 下卸载 lnmp/lamp 方法
heijinkuiba的博客
10-12 1956
1.卸载 apache2 sudo apt-get --purge remove apache2* sudo apt-get autoremove apache2 (--purge 是完全删除并且不保留配置文件） (重新安装 sudo apt-get install apache2) 2.卸载 nginx sudo apt-get remove nginx-* sudo apt-get pu
关于做并行计算的朋友MPICH2遇到ERROR:Error while connecting to host, 由于目标计算机积极拒绝，无法连接。 (10061)的问题
m0_53449061的博客
10-12 4975
除了MPICH2 Process Manager, Argonne National Lab这项服务需要启动，也就是在CMD中运行smpd.exe -install -phrase behappy这项命令外，还可能是你的系统变量需要修改。
【MPICH2】启动MPIEXEC之后执行exe文件出错
weixin_34128534的博客
11-27 2668
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> ...
msi2lmp安装包
最新发布
04-01
<think>嗯，用户想找msi2lmp的安装包。首先，我需要回忆一下msi2lmp是什么。根据之前的引用，msi2lmp是LAMMPS自带的一个工具，用来将MS模型转换成LAMMPS的data文件，对吧？引用[2]提到它属于LAMMPS的一部分，所以可能不需要单独下载，而是包含在LAMMPS的安装包里。 然后用户提到参考的引用里，引用[1]指出路径在/software/lammps-23Jun2022/tools/msi2lmp/frc_files，这说明msi2lmp通常位于LAMMPS安装目录的tools/msi2lmp子文件夹里。所以用户可能需要先安装LAMMPS，然后在这个路径下找到它。 但是用户可能遇到的问题是无法找到安装包，或者不知道如何获取。根据引用[4]，LAMMPS有Windows和Linux版本，安装包可能需要从官网或提供的资料包下载。用户可能需要检查是否已经正确安装了LAMMPS，并且是否在tools目录下找到了msi2lmp。 另外，引用[2]提到msi2lmp不能用的可能原因，比如MPI配置问题，但用户现在的问题是关于安装包的位置。所以应该先指导用户正确安装LAMMPS，并找到内置的msi2lmp工具。 还有，引用[3]提到Linux下运行msi文件的问题，但msi通常是Windows安装包，可能用户混淆了文件类型。但msi2lmp本身是LAMMPS的一部分，可能不需要单独安装msi文件，尤其是在Linux环境下。 总结下来，用户需要知道msi2lmp是LAMMPS自带的，不需要单独下载安装包，只需正确安装LAMMPS即可。同时，提供安装LAMMPS的方法，包括Windows和Linux版本，以及可能需要的环境如MPICH。此外，提醒用户如果遇到问题，可以参考提供的安装教程和手册。</think>### 关于 msi2lmp 安装包的获取与使用说明 1. **msi2lmp 的定位与获取方式** msi2lmp 是 LAMMPS 分子动力学软件自带的工具，**无需单独下载安装包**。它位于 LAMMPS 安装目录的 `tools/msi2lmp` 子文件夹中[^1][^2]。例如，在 Linux 系统中，路径可能为： ```bash /path/to/lammps/tools/msi2lmp ``` 2. **LAMMPS 安装包的下载** - **Windows 版**：需从 LAMMPS 官网或第三方资源（如引用[4]中提到的资料包）下载预编译版本，安装后即可在 `tools/msi2lmp` 目录中找到相关文件。 - **Linux 版**：建议通过源码编译安装。步骤如下： ```bash git clone https://github.com/lammps/lammps.git cd lammps mkdir build && cd build cmake ../cmake -DPKG_MOLECULE=yes # 确保启用分子相关模块 make ``` 编译完成后，msi2lmp 会生成在 `tools/msi2lmp` 目录中。 3. **常见问题与解决方法** - **msi2lmp 无法运行**： 需要确保已正确配置 MPI 环境。在 Windows 中需运行 `wmpiregister.exe` 注册用户名和密码；在 Linux 中需安装 `mpich` 或 `openmpi`。 - **缺少力场文件（.frc）**： 力场文件通常位于 `tools/msi2lmp/frc_files`，需在运行命令中指定路径，例如： ```bash msi2lmp.exe inputfile -frc CHARMM.frc -o output.data ``` ###
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

lammps加油站_小马老师

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值