lammps命令之read_data复合模型建模方法

在前面的教程中，我们已经知道，lammps建模方法有两种，可以使用lammps自带的建模命令建模，也可以使用第三方软件建模。

如果使用第三方软件建模，必须将模型文件转换为lammps可以识别的data文件，不同的建模方式转换方法有所不同。

Material studio软件建模完成导出car文件，可通过msi2lmp软件转化为data文件，Atomsk软件建模完成可以直接导出data文件。

假设现在已经有了data文件，我们就可以使用read_data命令将模型读入到lammps中，read_data命令的格式为：

read_data file keyword args ...

如果只需要读取一个data文件，直接将文件名写到read_data命令的后面即可：

read_data Fe.data

read_data命令支持在一个lammps代码中读取多个data文件，将不同的结构组装为一个复杂的体系。

当然，复杂体系的建模也可以在建模软件里面完成，但有些情况下，使用read_data命令会更加灵活。

比如两部分结构分别进行弛豫，达到平衡以后再组合到一起，或者两部分结构是用两种建模软件建模，分别生成data文件后，使用read_data可以很方便的组合到一起。

下面使用read_data命令建立Fe-Cu界面体系，建模过程为：

（1）运行Fe.in，生成单晶Fe模型，模型数据存到Fe.data文件中。

#Fe.data
units           metal              
dimension       3                
boundary        p p p         
atom_style      atomic       
neighbor        2.0 bin
neigh_modify    delay 0 every 1 check yes

lattice			fcc 2.86
region			box block 0 20 0 20 0 40 units box
create_box		1 box
create_atoms	1 box
mass			1 27

write_data		Fe.data

（2）运行Cu.in，生成单晶Cu模型，模型数据存到Cu.data文件中。

#Cu.data

units           metal              
dimension       3                
boundary        p p p         
atom_style      atomic       
neighbor        2.0 bin
neigh_modify    delay 0 every 1 check yes

lattice			fcc 3.61
region			box block 0 20 0 20 0 40 units box
create_box		1 box
create_atoms	1 box
mass			1 64

write_data		Cu.data

（3）运行All.in，读取Fe.data和Cu.data，组合为Fe-Cu界面模型，输出模型数据Fe_Cu.data。

units           metal              
dimension       3                
boundary        p p p         
atom_style      atomic       
neighbor        2.0 bin
neigh_modify    delay 0 every 1 check yes
#读取Fe.data
read_data		Fe.data extra/atom/types 1
#第二次调用read_data命令，读取Cu.data,offset关键字说明原子类型+1
#shift设置读取Cu模型后，Cu原子尺寸整体沿-y方向偏移22埃米
read_data		Cu.data add append offset 1 0 0 0 0 shift 0.0 -22 0.0

write_data		Fe_Cu.data

这个例子相对简单，仅仅是说明read_data使用方法，另外掌握可以建立比较复杂的模型，例如论文“Ultra-low friction of graphene/C60/graphene coatings for realistic rough surfaces”中的模型就可以使用本文的方法进行建模。

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