预训练模型教程

本文详细介绍了在Linux和CMD命令行中设置DNABERT预训练所需的环境变量,包括KMER、TRAIN_FILE、TEST_FILE、SOURCE和OUTPUT_PATH,以及如何将PATH_TO_DNABERT_REPO替换为实际仓库路径,并提到了预训练时运行Python脚本的要求。
摘要由CSDN通过智能技术生成

预训练环境变量设置

#linux中设置环境变量
export KMER=6
export TRAIN_FILE=sample_data/pre/6_3k.txt
export TEST_FILE=sample_data/pre/6_3k.txt
export SOURCE=PATH_TO_DNABERT_REPO
export OUTPUT_PATH=output$KMER

#cmd中设置环境变量(与上述指令效果等效)
set KMER=6
set TRAIN_FILE=sample_data\pre\6_3k.txt
set TEST_FILE=sample_data\pre\6_3k.txt
set SOURCE=PATH_TO_DNABERT_REPO
set OUTPUT_PATH=output%KMER%

这里的PATH_TO_DNABERT_REPO应该替换为DNABERT仓库的实际路径,我的路径为E:\code\gitcode\DNABERT

预训练运行python脚本

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