如何用MEGA-X构建进化树

通过进化树，我们可以得到一些非常有价值的信息，比如说某几个物种在同一分支上，说明他们有着较近的亲缘关系，更有可能他们之间存在着祖先与进化的关系。比如最近来势汹汹的新冠肺炎，下图为从网上找的冠状病毒遗传进化分析，其中图中2019-nCoV即为本次新型冠状病毒。

 

 

 

今天我们就来简单介绍一下进化树构建的基本过程。这次我们以YTHDF家族和YTHDC家族作为例子来进行演示www.51xxziyuan.com。

 

PART1

准备

 

1. 基因蛋白序列

打开NCBI gene数据库（文末获取地址），将所要查询的基因名称输进去即可，例如分析人YTH家族，将该家族的5个基因（YTHDF1/2/3、YTHDC1/2）依次输进基因栏。

 

 

选择对应物种，例如此处分析人，选择Homo sapiens，

选择要分析的序列，本文分析蛋白序列，点击NP链接，若要分析mRNA序列，点NM即可。

 

 

转进来后点击FASTA后即可看到该基因的蛋白序列，通过右上方send to发送至本地保存为fasta格式。

 

 

然后将5个基因蛋白序列合在一个fasta格式文件。具体合并就是把文件用文本打开，然后粘贴到一起就行。注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。序列工作就做好啦

另：Uniprot数据库（文末获取地址）也可获取蛋白序列哦，步骤与此类似，自行探索即可

 

2.下载MEGA

     行星资源站内搜索下载即可，有多种版本可供下载，由于本人电脑上为MEGA-X版本，下面就此版本介绍具体用法。

 

 

 

PART2

序列比对

 

 

做系统进化树之前要做多序列比对，将比对结果提交给MEGA建树。打开MEGA，点击File→Open A File/Session…→找到自己要比对的序列，打开

 

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