基因组变异对于 ceRNA 调控影响的数据库LnCeVar使用方法

 lncRNA（long non coding RNA）发挥功能的方式，目前研究最多的还是ceRNA 的功能。经典的ceRNA调控网络是通过 lncRNA-miRNA-mRNA 来构建的。这个研究思路，相对来说已经很成熟了，如果要在这个方面研究的话，其实再加一些变化可能更好一些，毕竟成熟的思路就代表创新性少一些，而如果要加变化的话，由于 ceRNA 调控的原始还是序列的结合，所以最直接能加的还是看基因组变异对于ceRNA 调控的影响。所以这次给大家推荐一个基因组变异对于ceRNA调控影响的数据库：LnCeVar

 

地址见文末

 

 

 

 

 

数据库原理

 

所谓 ceRNA 就是一个 lncRNA 和一个 mRNA 都可以都可以结合同一个miRNA。由于 miRNA 和 mRNA 结合会抑制本身 mRNA 的表达，所以如果 lncRNA 可以结合一定的 miRNA，相当于就把 mRNA 释放出来进而促进其表达发挥功能了。

基于这个原理，这个数据库首先通过几个数据库来预测 lncRNA-miRNA 可能的调控作用（miRanda, TargetScan, RNAhybrid），进一步又使用两个数据库来预测miRNA-mRNA的相互调控作用（TarBase, miRTarBase）。这样寻找同样结合一个miRNA的 lnc 和 mRNA，那就有可能存在ceRNA调控关系，进而就获得了lnc-miRNA-mRNA的结果了。

PS：其实刚才预测lnc-mi的数据库完全可以用来预测mi-m。主要是TarBase和miRTarBase这两个数据库是基于实验结果来构建的数据库，所以结果更加准确一些。为了考虑结果的准确性就使用这两个数据库了。

作者通过以上方式构建好ceRNA调控网络之后，进一步的来了解基因组变异（SNP, 突变以及拷贝数）对于 ceRNA 调控网络的影响。对于SNP/突变对于ceRNA的影响，作者也不是简单的通过评选其结合能的变化来预测的。而是使用了一些测序的数据（千人基因组，TCGA，Cosmic），这样让结果更加的准确一些。

 

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