今日,师兄说给我推荐一款神器——“LnCeVar”,我便迫不及待的上了PUBMED......
我去~~~“哈医大又发核酸”,我与师兄都同时感叹!不得不服,哈医大的生信真乃国内生信一颗璀璨的明珠!夸完它,还是继续苦逼的科研吧!
哎!想想这么好的东西,不早点分享给大家,确实不地道!所以熬夜敲键盘我也认了~
不说了,开始吧!
首先,我们看看神器主页吧,里面有一个快速搜索框。
下拉页面,可以看到一堆分析工具。
例如,我们选择LncRNA“NEAT1”输入搜索框,点击搜索。另外,输入的关键字也可以是任何基因组变异(SNP,突变和CNV),ceRNA(lncRNA,miRNA和mRNA),疾病,细胞系,细胞带,重要基因位点等。
弹出“NEAT1”参与的ceRNA事件。
我们点开其中一个“mutation-ceRNA events”查看,可以点左侧框内进行下载,也可以点右侧框内工具进行可视化。
另一种搜索是浏览器模式,可以按基因组变异,疾病,lncRNA,miRNA,位置等浏览LnCeVar数据库,自己尝试。
下面我要说的是今天的重头戏——7大分析工具:1LnCeVar-Function
功能富集分析。输入“NEAT1”,点击“search”。
结果是以GO和KEGG分析的条图展示。
2、LnCeVar-Hallmark
识别与变异-ceRNA事件相关的失调的癌症标志。
点击“search”后结果展示如下。
3、LnCeVar–Survival
执行COX回归分析并生成变异-ceRNA事件的生存曲线。输入相应的ceRNA网络因子,选择疾病,点击“search”。
COX生存分析:
生存曲线,beautiful!
4、LnCeVar-Network
可以识别并可视化变异的ceRNA网络。
ceRNA网络迅速生成。
5、LnCeVar-Cluster
提供了不同的lncRNA和ceRNA之间的关系。选择疾病和标志事件。
一张生成lncRNA之间的关系图
另一张生成的图则是lncRNA与其竞争性mRNA的关系图
6、LnCeVar-BLAST
用户通过明确的序列查询数据库。
7、LnCeVar-Browser是一个基于Web的基因组浏览器,可动态显示包括参考序列,基因组变异,ceRNA转录本和miRNA结合位点。需要输入染色体号和序列的区间。
便可在线浏览基因组的信息。
最后,总结一下神器的工作流程:
工作流程(以NEAT1示例):
(A)以NEAT1为例的搜索模块接口。
(B)浏览模块和人体图的界面。
(C)通过搜索和浏览NEAT1得到的数据表。
(D)NEAT1-变异-ceRNA事件的基本信息和miRNA结合状态。
(E)基于GO和KEGG的NEAT1的功能分析。
(F)基于相关生物学过程的NEAT1的标志性事件分析。
(G)受基因组变异干扰的所有可能的与NEAT1相关的ceRNA相互作用的全局视图。
(H)与NEAT1相关的ceRNA的生存分析和Kaplan-Meier生存曲线。
(I)不同样本和人群中NEAT1基因组变异的分布。
(J)NEAT1和相关ceRNA的关系分析。
(K)LnCeVar-BLAST和LnCeVar-Browser接口分别用于自定义序列搜索和基因组搜索。