starBase:ceRNA数据库简介

最新推荐文章于 2024-06-13 21:12:59 发布
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在ceRNA调控网络中，miRNA起到了桥梁的作用，通过和各种RNA分子结合，从而介导该调控机制的发生。starBase数据库提供了miRNA和各种RNA分子的相互作用信息，并在此基础上构建了ceRNA网络，网址如下

http://starbase.sysu.edu.cn/index.php

该数据库提供了以下几种类型的信息

  1. miRNA target

  2. RNA-RNA相互作用

  3. ceRNA调控网络

  4. RNA和蛋白的结合信息

根据研究方法的不同，对应5个不同的导航栏菜单

1. miRNA target

首先通过GEO数据库下载AGO蛋白的CLIP-seq测序结果，进行peak calling分析得到miRNA结合位点, 再利用targetscan等多款软件的预测结果，与CLIP数据分析结果取交集，得到最终的miRNA结合位置信息，从而确定miRNA和其他RNA分子之间的相互作用信息。

通过导航栏的miRNA target菜单，可以查看以下4种类型的miRNA靶标信息

  1. miRNA-mRNA

  2. miRNA-lncRNA

  3. miRNA-circRNA

  4. miRNA-pseudogene

  5. miRNA-sncRNA

结果示意如下

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