在基于高通量测序的微生物群落分析中,若提到如何描述不同群落β多样性是否存在差异或者评估组内或组间的差异程度,我们通常可以想到很多方法,这些都是描述群落β多样性特征的常见分析。例如,一般我们首先会基于微生物分类群丰度数据计算不同群落样本间的成对相似或相异矩阵,然后通过PCA、PCoA等观察不同组的群落样本是否沿特征轴具有明显的分界,或者通过聚类分析观察不同组的群落样本是否划分到不同的聚类簇中,以及通过一些统计检验方法如PERMANOVA等确定不同群落在物种组成方面的差异显著性,等等……
那么,如果想通过上述提到的相似或相异矩阵,去比较几组群落β多样性的高低,该如何实现呢?因为通常无论相似性或相异指数,都是在反映两两群落样本之间的差异程度,又该如何通过它们描述整体群落的β多样性的高低水平呢?
通过相似性或相异指数的数值分布确定Beta多样性高低
既然这种样本间的成对相似或相异矩阵是反映群落β多样性的一种度量,那么它的数值差异肯定也可以用于描述β多样性的高低,例如以下两篇文献中这样。