circRNA研究相关数据库，riboCIRC使用指南

今天介绍的主角riboCIRC数据库同TransCirc数据库一样，探讨的都是circRNA编码小肽的故事

 

 

riboCIRC数据库的网址为

见文末

 

大家使用的时候也不要忘记引用参考文献

 

Li, H., Xie, M., Wang, Y. et al. riboCIRC: a comprehensive database of translatable circRNAs. Genome Biol 22, 79 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02300-7

 

一、riboCIRC数据库基本介绍

riboCIRC数据库，研究的也是circRNA编码多肽，就机制而言同TransCirc数据库大同小异。所以我仔细想了想，什么叫ORF，什么叫IRES，什么是circRNA编码蛋白的机制，以及包括m6A修饰这些，在之前的推文中都悉数介绍过了，所以大家再了解一下这个数据库的基本构建，基本上就掌握的八九不离十了。大家在使用的时候可以跟Transcirc数据库进行对比思考，以加深理解。如Transcirc数据库对预测circRNA是否可以编码蛋白进行了证据等级评分，从多个方面来预测circRNA编码蛋白的可能性；而riboCIRC数据库则简单粗暴地直接使用了Ribo-seq数据集进行分析，更加可信。riboCIRC数据库分析了3168个Ribo-seq公共数据集以及1970个相匹配的RNA-seq数据集，包括了314项研究，21个物种的信息，最终完成了一个以翻译组学为导向的circRNA数据库。数据库目前包含了6个不同物种（人，小鼠，大鼠，线虫，果蝇，斑马鱼）的2247条预测可以进行翻译的circRNA以及216条经实验验证过可以翻译的circRNA，原理如下图所示：

 

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