Circos

最新推荐文章于 2022-11-09 10:30:13 发布

Ecsivo

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分类专栏： IT 文章标签： circos perl 代码作图工具

本文链接：https://blog.csdn.net/lexwoefm/article/details/50432919

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Circos

What is Circos ? Circos is a software package for visualizing data and information. It visualizes data in a circular layout — this makes Circos ideal for exploring relationships between objects or positions. There are other reasons why a circular layout is advantageous, not the least being the fact that it is attractive.

Circos is ideal for creating publication-quality infographics and illustrations with a high data-to-ink ratio, richly layered data and pleasant symmetries. You have fine control each element in the figure to tailor its focus points and detail to your audience [1].

上面应用了Circos官网的一段简介，简单来说Circos就是一个用于“画圈”的工具。期初该工具主要是为展现染色体数据所设计的（接下来的例子就是以数据为例的），当然你也可以运用到任何其他的领域，只要数据格式没错。

Circos是基于perl开发的，并且需要大量的package来支持，如果你是windows用户，建议你先利用PPM将相关的包安装好，如果你是linux用户，例如ubuntu用户，则可以利用
“sudo apt-get install lib[package_name]-perl” 这种形式进行安装。Circos工具可以从官网下载（建议你把tools和tutorial压缩包也下下来以便自己学习）。

1. 安装
tar zxvf circos-0.69.tgz
cd circos-0.69/exmaple
./run
这主要是为了测试该工具能否运行
如果出错，则可能是你系统perl所在路径和circos中所设置的不同，这个时候有两种解决策略：
1) cd circos-0.69/bin 将circos文件中头表改成你的perl所在路径，例如（你的perl在/usr/bin/目录下）#!/usr/bin/env perl 或 #!/usr/bin/perl
2) ln -s /usr/bin/perl /bin/perl

之后再一次cd circos-0.69/example，运行./run
这一次你依旧会出错。你会在example/目录下发现run.out文件，里面记录了你出错的原因，其实就是缺包，因此你只要把这些包全装一遍就可以了（当然有些包可能不存在了，这时你可以选择其他包代替，或者是忽略，如果还是不能运行那就再找我吧，这里就不详细描述这些包了）。对于linux用户，例如ubuntu用户可以利用
“sudo apt-get install lib[package_name]-perl” 方式来安装相应的包，如果是windows用户可以利用PPM来安装。

2. 运用
circos image
大图先放上！

这个图中包含了很多模块，例如(1)染色体构图，(2)染色体上的标尺，(3)染色体之间的连接，(4)histogram, line, heatmap plots, text (基因注释) 等。对于每个模块中的细节（颜色的设置，哪些染色体需要展示等等）则需要另外一些模块来控制。是不是有点晕？好我们先看总体框架吧：
main –> genome, ideogram, ticks, links, plots
links –> rules
plots –> rules，backgrounds，axes等
这里main就是一个大模块，它把其他模块都加入其中。运行时也只需要指出该文件。

genome 模块中设置了勾画染色体所需要的数据，及一些基本设置例如颜色之类的。

ideogram 用于对整个图像布局，以及细节的处理进行一些设置。

ticks 就是对 genome勾画出来的染色体上加入标尺之类的。

links 则用用加载不同染色体之间的连接所依据的数据以及相应的设置，这些设置的一部分可以通过加载rules模块来完成。

plots 可用于勾画直方图，曲线图，热图等等，当然你需要提供相应的数据，部分设置需要通过加载rules, background, axes等模块来完成（如果你闲麻烦也可以把这些模块中的代码直接写入plots中就可以了，这样就无需加载这些模块了，但是这样并不利于后期的维护，而且也不利用代码的高效利用）。

rules 可以设定一些规则，来控制一些设置。

backgrounds和axes模块主要是服务于plots模块的，比如添加作图背景，添加预警线之类的。

另外还有一些其他模块是circos自带的，这些模块主要是用于定义颜色，字体之类的，运用时只需加载一下即可。下面为main的主要代码：
main.conf