欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!
Circos 的核心就是配置文件的编写,在配置文件中,包含两个方面的内容:
- 数据
- 参数
作为一款可视化工具,毫无疑问肯定是需要建立在数据的基础上的。有了数据之后,如何展示,会有许多的参数需要设置和调整,这些参数就是我们需要理解和掌握的东西。
首先看一下配置文件的一个基本示例:
这个配置文件是我从官方提供的tutorials
包中找的一个示例。对于circos
的配置文件,
#
开头的行代表注释- 参数通过
key = value
的形式进行设置 - 通过
include
可以引入其他的配置文件
由于circos 中包含的参数非常多,如果全部写在一个配置文件中,会显得非常的臃肿,而且不利于管理和调试。为了解决这样的问题,circos 通过include 将其他文件中的配置导入到当前配置文件中,这里include
的作用和C语言中的incldue 语法一样,都是一个字符串替换的作用。
比如上面例子中的<<include ideogram.conf>>
,ideogram.conf
的内容如下: