Ubuntu 20.0.4 linux生信服务器笔记

系统硬盘挂载情况 

$ sudo root
# df -h

查看硬件raid信息
# lspci |grep -i raid
17:00.0 RAID bus controller: Broadcom / LSI MegaRAID SAS-3 3108 [Invader] (rev 02)

#fdisk -l
Disk /dev/sda:447.13 GiB,480103981056 字节,937703088 个扇区
Disk model: SAMSUNG MZ7LH480
单元:扇区 / 1 * 512 = 512 字节
扇区大小(逻辑/物理):512 字节 / 4096 字节
I/O 大小(最小/最佳):4096 字节 / 4096 字节
磁盘标签类型:gpt
磁盘标识符:19349F6C-CF52-4ED6-821C-336E18D84E67

设备          起点      末尾      扇区   大小 类型
/dev/sda1     2048   1050623   1048576   512M EFI 系统
/dev/sda2  1050624 937701375 936650752 446.6G Linux 文件系统


Disk /dev/sdb:14.57 TiB,16002041511936 字节,31253987328 个扇区
Disk model: MR9361-8i
单元:扇区 / 1 * 512 = 512 字节
扇区大小(逻辑/物理):512 字节 / 4096 字节
I/O 大小(最小/最佳):262144 字节 / 262144 字节

# cat /proc/scsi/scsi
Attached devices:
Host: scsi0 Channel: 00 Id: 08 Lun: 00
  Vendor: ATA      Model: SAMSUNG MZ7LH480 Rev: 904Q
  Type:   Direct-Access                    ANSI  SCSI revision: 06
Host: scsi0 Channel: 02 Id: 00 Lun: 00
  Vendor: AVAGO    Model: MR9361-8i        Rev: 4.68
  Type:   Direct-Access                    ANSI  SCSI revision: 05

# ls /dev/sd*
/dev/sda  /dev/sda1  /dev/sda2  /dev/sdb

# ls /sys/block/sdb/device -ld
lrwxrwxrwx 1 root root 0 9月  16 15:02 /sys/block/sdb/device -> ../../../0:2:0:0

服务器命令笔记备忘

压缩文件处理

.zip解压缩
unzip -n filename.zip

.gz文件解压

gunzip FileName.gz 
gzip -d FileName.gz

.tar.gz文件解压z
tar -zxvf test.tar.gz -C ./ 
tar -zxvf test.tar.gz -C  ~/my_dirtory

将指定目录压缩为   .tar.gz 文件
tar -zcvf new_test.tar.gz ~/my_dictory

tar 参数:
-c 压缩文件内容
-x 解压文件中的内容
-z 使用gzip来解压或压缩.tar.gz格式的文件
-v 压缩过程中显示文件
-f 置顶文件名,f 后面立刻紧跟文件名,不能接受其他参数

 用户,组操作

#查看现有用户和组群
cat /etc/passwd
cat /etc/group

sudo useradd newuser -m 
sudo passwd newuser

su - newuser

#授予newuser root权限
sudo usermod -a -G adm newuser
sudo usermod -a -G sudo newuser

#删除用户
sudo userdel newuser
sudo userdel -r newuser

#usermod修改账户

#user1的登录名改为 u1
usermod –l u1 user1

#user1 加入到 users组中,
usermod –g users user1

#user1 目录改为/users/us1
usermod –d /users/us1 user1

#查看 newuser信息
id newuser
###############################
#用户组操作
groupadd -g 888 users
gpasswd –a user1 users
把 user1退出users组
gpasswd –d user1 users

groupmod –n user users #修改组名user为users
groupdel 删除组
groupdel userg

更改文件权限 所有者

chmod 775 file

#7=read+write+exec(4+2+1)  u=7 g=7 o=5

更改文件拥有者

chown tom:users file d.key e.scrt

apt-get install安装位置

软件包:/var/cache/apt/archives
安装位置:/usr/share
快捷方式:/usr/share/applications
可执行文件:/usr/bin
lib文件:/usr/lib
配置文件:/etc

服务器开放端口查看 和操作 

#查看80端口是否开放,输入 lsof -i:端口号 ,如果没有信息出现则说明该端口还未开放

$ lsof -i:80
$ telnet 192.168.0.1 80

#也可以通过以下命令,查看所有开放的端口

$ netstat -aptn
$ iptables -nL

#实现开启端口的命令,分别是查看防火墙状态、开启防火墙、开启端口、防火墙重启

$ ufw status
$ ufw enable
$ ufw allow 22

1、使用iptables开放端口
若没有的话,需要安装:

sudo apt-get install iptables

开放需要开放的端口,例如开放80端口

$iptables -I INPUT -p tcp --dport 80 -j ACCEPT

或者直接使用:

$/sbin/iptables -I INPUT -p tcp --dport 80 -j ACCEPT

保存

iptables-save

 这上面的端口开放只是暂时的,若服务器重启就会恢复,需要进行持久化

2、利用工具进行持久化
使用持续化规则 iptables-persistent

若没有的话,需要安装:

进行持久化操作

安装iptables-persistent

sudo apt-get install iptables-persistent

sudo netfilter-persistent save
sudo netfilter-persistent reload
  • 0
    点赞
  • 2
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
配置生信环境需要安装一些必要的工具和软件,以下是在双系统Ubuntu 22.04中配置生信环境的步骤: 1. 更新系统 在终端中输入以下命令: ``` sudo apt update sudo apt upgrade ``` 这将更新系统中已安装的所有软件包。 2. 安装常用工具 在终端中输入以下命令: ``` sudo apt install build-essential wget curl git unzip ``` 这将安装一些常用工具,如编译器、下载工具、版本控制工具等。 3. 安装Anaconda 在终端中输入以下命令: ``` wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh bash Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh ``` 这将下载并安装Anaconda。安装过程中需要按照提示进行配置。 4. 创建conda环境 在终端中输入以下命令: ``` conda create -n bioinfo python=3.9 conda activate bioinfo ``` 这将创建一个名为bioinfo的conda环境,并激活该环境。 5. 安装常用Python包 在bioinfo环境中,输入以下命令安装常用的Python包: ``` conda install numpy pandas matplotlib seaborn scipy jupyter notebook ``` 这将安装一些常用的Python包,如数据处理、数据可视化、科学计算等。 6. 安装生物信息学软件 在bioinfo环境中,输入以下命令安装一些常用的生物信息学软件: ``` conda install -c bioconda samtools bowtie2 hisat2 bedtools blast bioawk fastqc ``` 这将安装一些常用的生物信息学软件,如序列比对、序列处理、序列分析等。 7. 配置环境变量 在bioinfo环境中,输入以下命令配置环境变量: ``` echo 'export PATH="$PATH:/path/to/anaconda3/envs/bioinfo/bin"' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ``` 将/path/to/anaconda3替换为你的Anaconda安装路径。 至此,在双系统Ubuntu 22.04中配置生信环境的步骤就完成了。你可以在bioinfo环境中运行生物信息学软件和Python脚本了。

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值