minicoda3那点事

已于 2022-09-28 15:18:59 修改
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分类专栏： 服务器 文章标签： python 开发语言
于 2022-09-21 01:09:13 首次发布
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实际问题 安装gatk4过程中，conda个gatk4 env，报错

channel配置 和 报错

Anaconda channel 配置笔记 - 知乎 (zhihu.com)​​​​​​ihttps://zhuanlan.zhihu.com/p/349081344

 install用法

conda install — conda 22.9.0 documentationhttps://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands/install.html

简洁 GATK4 conda 安装

GATK4 conda 安装 - 简书 (jianshu.com)https://www.jianshu.com/p/e9bdaaaf2e6f

conda gatk4 如何配置Java版本 

问题：GATK4 需要Java 1.8版本，默认的1.8 headless COS7 X390无法安装。默认安装11.8

最终方法： conda install openjava=8.0

gatk4的安装与下载
hgz2020的博客
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gatk4
conda安装python3_Python3编译,Conda3安装,Conda3配置,代理,镜像
weixin_40006965的博客
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20200831 更新好久没有编译, 几乎忘了命令和踩过的坑, 来看自己的笔记发现也没有. 真是.以后还是要多笔记一下先安装一堆依赖yum install gdbm-devel tk-devel xz-devel sqlite-devel readline-devel bzip2-devel ncurses-devel zlib=devel当然gcc也是要的.yum install gcc*./c...
生信｜GATK4 install
m0_57290840的博客
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git clone https://github.com.cnpmjs.org/broadinstitute/gatk curl -s https://packagecloud.io/install/repositories/github/git-lfs/script.deb.sh | sudo bash ###The results of running the code### Detected operating system as LinuxMint/ulyana. Checking for.
GATK 4 开源项目安装与使用教程
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GATK 4 开源项目安装与使用教程 gatk Official code repository for GATK versions 4 and up 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ga...
conda的安装与使用（最新版）
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有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里下，下载好了之后怎么安装，我果断打开了https://bioconda.github.io/recipes ，告诉她安装conda吧，...
GATK官方教程 / 概述及工作前的布置
悟道西方
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在《用户指南》的流水线 (https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035889771)部分列出了相应的选项。GATK团队首选的选项是Cromwell (https://cromwell.readthedocs.io/en/stable/)执行引擎，它和GATK一样，也是由Broad的数据科学平台(DSP)开发的，可以作为服务在GATK的云平台Terra(https://app.terra.bio/，以前被称为FireCloud)上使用。
gatk:GATK版本4及更高版本的官方代码存储库
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请访问，您可以在其中下载预编译的可执行文件，阅读文档，提出问题并获得技术支持。 有关GitHub的基础知识，请参见。 GATK 4 该存储库包含下一代的基因组分析工具包（GATK）。 该存储库的内容是100％开源的，并根据Apache 2.0许可发布（请参阅 ）。 GATK4旨在在简化的框架下将来自和代码库的完善工具集中在一起，并使选定的工具能够使用在本地集群或云中大规模并行地运行。 它还包含许多新开发的工具，该工具包的早期版本中没有这些工具。 目录 将JVM选项传递给gatk 将配置文件传递给gatk 使用Google Cloud Storage上的输入来运行GATK4 在本地运行GATK4 Spark工具 在Spark集群上运行GATK4 Spark工具 在Google Cloud Dataproc上运行GATK4 Spark工具 使用R生成图 Bash的GATK标签完成
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本来兴高采烈地打算大显身手，进行Linux系统上通过miniconda 下载Python。结果出现了问题。查找网络上各种解决不方法，忙了一下午，在接近放弃，打算重现install miniconda,终于倒腾出了一点奇迹。 清华镜像源还有中科大的还能不能用？清华的还可以，中科大的我没试，既然有一个可以就行了。 我的坑：1.删除了 cache，比如 /username/.conda/pkgs ...
Tensorflow 2.3 CPU环境搭建：Miniconda3与VC安装指南
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gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库.zip
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gatk, GATK版本 4和更高版本的官方代码库 注意：请查看网站，你可以下载预编译可执行文件，阅读文档，提问，并接收技术支持。 GATK 4这个库包含了下一代基因组分析工具包( GATK ) 。 这个存储库的内容是 100%开放源码的，并在 BSD 3-Clau
镜像适配麒麟arm架构，miniconda-arm版及python依赖安装
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GATK4环境配置步骤札记2
2tong
07-11 4571
很愚蠢的一点，输入wget之后，就放假回家去了，导致今天上班的时候才发现下载到20%的时候失败了........浏览器下载失败，转用wget URL的形式失败，改为采用：下载完成后，进行如下操作：而后，unzip gatk-4.0.2.1.zip文件，cd gatk-4.0.2.1后，ls下：--->新的环境需求，嗯，对的，目标是先local配置下gatk，然后运行下样例文件，所以，继续配置...
记录如何在anconda上面安装opencv4.4
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该文主要是针对如何在anaconda上面安装opencv4.4的流程.
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echo"START"大家好，我是熊猫。事情是这样的，前些天我在朋友圈发了一张图片：Snakemake展现gatk4生成正常样本的germline突变数据库流程图这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图，整个流程是用Snakemake写的，这个图片也是Snakemake生成的。然后就被jimmy大佬点名了，受宠若惊，所以就有了本文。我是2016年从转录组学习小...
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12-20 7733
1.下载：git clone https://github.com/broadgsa/gatk-protected.git 2.安装：git checkout 3.5 mvn clean package -DskipTests 3.安装成功：[INFO] Reactor Summary: [INFO] [INFO] GATK Root ...............................
conda 安装指定版本的指定包
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因为一些特殊情况，可能会想安装一些特定的包，比如，我自己就在安装tensorflow时不想升级cudnn，而cuda search tensorflow-gpu 有如下结果（只截取了1.2.1版本相关数据，用的清华源）： 1.2.1 py27cuda7.5cudnn5.1_0 https://mirrors.tuna.ts
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Anaconda官网目录 https://www.anaconda.com/download/#linux conda 帮助文档 https://conda.io/docs/user-guide/overview.html 手册：https://conda.io/docs/_downloads/conda-cheatsheet.pdf bioconda官网 https://bioc...
下载minicoda3
最新发布
02-07
### 如何下载并安装 Miniconda3 最新版本 #### 准备工作 为了确保顺利安装 Miniconda3，在开始之前确认网络连接正常，并拥有管理员权限。 #### 获取最新版Miniconda3的安装包 访问官方提供的Miniconda下载页面，该页面提供了不同操作系统对应的安装文件。对于Linux系统的用户来说，可以从链接获取适用于Linux的Shell脚本(.sh)[^2]。 #### 执行安装过程 一旦选择了合适的安装文件之后，通过wget命令或者其他方式将其下载到本地计算机中。下面是一个基于bash环境下的例子： ```bash wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 完成下载后，赋予执行权限给这个shell脚本: ```bash chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 启动安装程序，按照提示进行操作即可： ```bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 在安装过程中会询问是否接受许可协议以及设置安装路径等问题，请根据个人需求做出选择[^1]。 #### 初始化配置Conda 当上述步骤完成后，可能还需要初始化`conda init`来使能自动激活base环境的功能；如果遇到无法直接调用`conda`的情况，则可以尝试运行如下指令来进行临时性的解决办法，这将允许当前session立即使用conda命令[^3]: ```bash eval "$(/path/to/miniconda3/bin/conda shell.bash hook)" ``` 请注意替换其中的路径为实际安装位置。 #### 创建指定Python版本的新环境 最后一步就是创建一个新的虚拟环境，并指明所需的Python版本号(比如这里是要建立带有Python 3.10.12 的环境): ```bash conda create --name myenv python=3.10.12 ``` 以上即完成了整个流程介绍，现在应该已经成功设置了含有特定Python版本的工作空间。
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