ubuntu虚拟机使用笔记——8、生信分析包

最新推荐文章于 2022-09-18 19:51:56 发布
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分类专栏： 生信学习笔记 ubuntu 文章标签： ubuntu 生物信息学
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/viola_/article/details/116951092
版权

1、安装zlib

sudo apt install zlib1g-dev

2、安装bedtools

sudo apt-get install bedtools

3、安装samtools

先安了个这个包

sudo apt-get install libncurses5-dev

安装samtools

sudo apt-get install samtools

4、安装gcc


                

                
                
        

        

    




        

            

                    
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                专栏目录
          










                



	

		

			

				
					
生信分析电脑推荐_ubuntu20.04正式发布，未来五年生物数据分析主流平台

				
			

			

				

					weixin_42537919的博客
				

				

					12-10
					
					670
					
				

			

		

		

			
				
十年前，我在ubuntu的网站上填写了一个地址，没想到几周之后，我收到了一个快递，是从加拿大邮寄过来的，是ubuntu公司给我寄来的一张安装CD，是ubuntu 10.04版本。十年之后，ubuntu系统已经取得了非常大的进步，目前已经是Linux世界重要的一个分支。今日，也就是4月23日，正式发布了ubuntu 20.04 LST，这又是一个长期支持的版本。Ubuntu 16.04很多人可能好奇...

			
		

	



                

              
                



	

		

			

				
					
生信技能树linux虚拟机,生信人的linux考试-生信技能树学习笔记

				
			

			

				

					weixin_32533957的博客
				

				

					04-29
					
					590
					
				

			

		

		

			
				
一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。mkdir testcd testmkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9二、在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txttouch ./1/2/3/4/5/6/7/8/9/me.txttree.└── 1└──...

			
		

	



                


  
              

                


	

		

			

				
					
ubuntu服务器开放端口_生信第一步购买腾讯云服务器搭建自己的生信分析环境

				
			

			

				

					weixin_39632397的博客
				

				

					11-25
					
					694
					
				

			

		

		

			
				
因为原先台式机够用(其实是因为懒)，虽然看了jimmy的公益、优质教学但是没实实在在的操练过。现在因为疫情，就不去实验室了，小命要紧，居家办公，笔记本就不够看了。一遍操练下来，发现光看不练完全没用。。。学了不操练，等于没学。买服务器这一步我就不写了，直接进入正题。 一.腾讯云服务器-构建生信分析环境01.硬盘设置挂载数据盘，我先买了200G的云数据盘，暂时够用，手动挂载后，需要进入服务...

			
		

	





	

		

			

				
					
生信技能树linux虚拟机,【生信技能树】Linux练习

				
			

			

				

					weixin_42191480的博客
				

				

					04-29
					
					559
					
				

			

		

		

			
				
一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。$ mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9$ tree第一题结果截图二、在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txt$cd 1/2/3/4/5/6/7/8/9$touch me.txt$ls第二题结果截图三、在...

			
		

	



		

			
		



	

		

			

				
					
Ubuntu 20.0.4 linux生信服务器笔记

				
			

			

				

					清风的博客
				

				

					09-18
					
					576
					
				

			

		

		

			
				
Linux生信服务器备忘

			
		

	





	

		

			

				
					
生信分析论文套路R语言代码

				
			

			

				

					12-05
				

			

		

		

			
				
TCGA GEO数据处理，基因注释，差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等...

			
		

	





	

		

			

				
					
生信分析服务器配置脚本

				
			

			

				

					08-13
				

			

		

		

			
				
生信分析linux环境配置，安装分析软件环境，需要root权限

			
		

	





	

		

			

				
					
生信分析例文

				
			

			

				

					12-04
				

			

		

		

			
				
通过生信分析挖掘在癌症中三个MiRNA,为肿瘤治疗提供靶点。

			
		

	





	

		

			

				
					
新增功能：向导模式，简单点击即可完成生信分析获取分析结果

				
			

			

				

					01-11
				

			

		

		

			
				
新增功能：向导模式，简单点击即可完成生信分析获取分析结果。  支持文件断点续传、覆盖。  实时显示上传、分析进度。

			
		

	





	

		

			

				
					
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_

				
			

			

				

					10-02
				

			

		

		

			
				
R语言中生物基因的富集分析 给生物信息学的爱好者

			
		

	





	

		

			

				
					
生信装虚拟机好还是云服务器,学习小组Day2笔记--潘潘

				
			

			

				

					weixin_42514002的博客
				

				

					08-12
					
					536
					
				

			

		

		

			
				
linux的初识虚拟机之前看中国大学mooc上自学过一点linux系统，并且在自己的电脑上安装了虚拟机，但是学完没有再自己钻研，linux命令也没记住几个，自己的电脑也带不起来实验数据，所以虚拟机就一直被我搁置。服务器我们实验室有个专门搞生信的师兄(贼大佬，背地里夸奖一番)，他刚好手里有台本地服务器，我目前手头需要用到Rstudio Server,所以麻烦他帮我创建了一个服务器上的账户，但是对于服...

			
		

	





	

		

			

				
					
vmware Linux导出导入,我的生信入门day1虚拟机安装 bio-linux导入

				
			

			

				

					weixin_33480732的博客
				

				

					05-14
					
					330
					
				

			

		

		

			
				
一个园艺专业，导师是生信的。初涉生信，十分迷茫，磕磕绊绊总算是迈出艰难的第一步：安装好了virtualbox 导入 bio-linux，对我这个电脑白痴来说，并不那么容易。1.下载 virtualbox只需要搜索官网即可，比较容易的一步。2.下载 bio-linux不太顺利。我以为是我的c盘太满了，于是就找了一些清盘的办法(电脑一窍不通，怕删除)，这个操作后来出现了问题。一开始是下载特别慢，而且来...

			
		

	





	

		

			

				
					
生信-ubuntu安装hhblits

				
			

			

				

					Gentlezzx的博客
				

				

					08-18
					
					1151
					
				

			

		

		

			
				
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install hhsuite

hhblits -h验证安装成功



			
		

	





	

		

			

				
					
0001-【linux系统】-用于生物信息分析该如何安装ubuntu系统？

				
			

			

				

					leadingsci的博客
				

				

					06-02
					
					5431
					
				

			

		

		

			
				
1. 生信软件系统的选择——Linux（ubuntu）

对于生信分析人员来说，日常工作，软件运行，跑流程，均在linux下操作。当然，也有基于云端的生信分析平台，如免费的Galaxy，或者某些 公司的一站式云平台。

比较初学者学生物信息还是使用开源软件、学原理、一步一步运行才有意思。这路子，一定要适应Linux的命令行界面。


选择windows还是linux？ 一定是linux，windo...

			
		

	





	

		

			

				
					
手把手教你生信分析平台搭建

					
热门推荐

				
			

			

				

					刘永鑫的博客——宏基因组公众号
				

				

					03-22
					
					1万+
					
				

			

		

		

			
				

  宏基因组按：此系列教程为基因学苑的王通老师原创发布。非常适合刚接受生信，又有服务器管理需求的小伙伴做为入门材料，一共20篇文章，内容涉及服务器选购、Linux系统安装、用户管理、软件安装、软件兼容环境、Galaxy/Rstudio服务器配置等多方面。助你快速入行，轻松成为兼职服务器管理员的技术达人。


本文为宏基因组对本系列教程的导读和介绍，方便大家收藏和查阅自己需求的内容。文中蓝字均为链...

			
		

	





	

		

			

				
					
如何入门生信Linux

				
			

			

				

					悟道西方
				

				

					03-16
					
					2740
					
				

			

		

		

			
				
生物信息的学习离不开Linux系统，不管自己写命令处理数据，还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能，可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中，多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的，相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷；另外，生信分析用到的工具大都只在Linux下运行，而Linux发行版众多，...

			
		

	





	

		

			

				
					
手把手教你生信分析平台搭建（一）

				
			

			

				

					xxxie_的博客
				

				

					06-28
					
					4002
					
				

			

		

		

			
				
很多读者想学习生物信息分析，而生物信息分析是一项实践性很强的工作，因此我们推出《生物信息分析平台搭建》系列，手把手教你搭建属于自己的生物信息分析系统，为了便于练习，我们将在虚拟机中进行练习，当熟练之后，在逐步上手实体机或云服务器。

			
		

	





	

		

			

				
					
小白如何进行生信分析平台搭建

				
			

			

				

					leroylee7的博客
				

				

					10-19
					
					857
					
				

			

		

		

			
				
很多读者想学习生物信息分析，而生物信息分析是一项实践性很强的工作，因此我们推出《生物信息分析平台搭建》系列，手把手教你搭建属于自己的生物信息分析系统，为了便于练习，我们将在虚拟机中进行练习，当熟练之后，在逐步上手实体机或云服务器。

01. VirutalBox安装



VirtualBox是目前免费虚拟机中最好用的软件，兼容性好、稳定、定期更新。是生信入门、无服务器还要数据分析的朋友居家必备软件。点击标题蓝字阅读原文，查立阅此软件下载、安装的详细图文教程。

02. 安装Linux系统



在Virt

			
		

	





	

		

			

				
					
bedtools的使用

				
			

			

				

					fengleqi的博客
				

				

					06-15
					
					954
					
				

			

		

		

			
				
http://blog.sina.com.cn/s/blog_182e021ed0102xa72.html区域注释，如peak注释，peak分布分析，peak与调控元件交集等。区域合并，如求算多样品peak合集，或合并重叠区域区域互补，如得到非基因区利用比对结果对测序广度和深度评估多样品peak相似性计算，评估ChIP类区域结果的样品相似性。...

			
		

	





	

		

			

				
					
ubuntu做生信分析

					
最新发布

				
			

			

				

					02-02
				

			

		

		

			
				
Ubuntu是一种常用的操作系统，“生信”是指生物信息学领域的研究和应用。Ubuntu作为一种开源操作系统，在生物信息学领域中得到了广泛的应用和认可。

首先，Ubuntu操作系统具有开源的优势，可以免费获取并自由使用。这对于生物信息学领域的研究和分析来说非常重要，因为很多生物信息学工具和软件也是开源的，可以很方便地与Ubuntu操作系统兼容使用。

其次，Ubuntu操作系统拥有强大的计算资源管理能力。生物信息学分析通常需要处理大量的数据和复杂的算法，需要稳定的计算环境和高效的计算资源管理。Ubuntu操作系统能够提供稳定可靠的运行环境，并能够方便地进行计算资源的管理和配置，满足生物信息学分析的需求。

另外，Ubuntu操作系统可扩展性强，可以根据不同的生物信息学需求进行个性化配置和定制化开发。生物信息学分析工作经常需要使用各种特定的工具和软件，并且可能需要进行自定义开发，以满足特定的研究目标和需求。Ubuntu操作系统提供了丰富的开发资源和支持，方便用户进行个性化配置和开发。

最后，Ubuntu操作系统具有良好的用户社区支持。生物信息学领域的研究者和开发者通常会遇到各种技术问题和难题，需要得到及时的技术支持。Ubuntu操作系统拥有庞大的用户社区，提供了广泛的帮助和支持，用户可以通过在线论坛、邮件列表等途径获取各种技术问题的解答和建议。

综上所述，Ubuntu操作系统作为一种开源的操作系统，在生物信息学领域的研究和应用中具有很大的优势和潜力。使用Ubuntu进行生物信息学分析可以充分利用开源软件和工具，提供稳定可靠的计算环境，提高研究和分析的效率和准确性。

			
		

	



              



  
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