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RSS订阅原创 Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?
公司要购买服务器，这一周在测试多显卡服务器跑动力学模拟，多显卡多任务时用到Docker，镜像是https://ngc.nvidia.com/catalog/containers/hpc:gromacs。后来在自己服务器上安装Docker，安装命令：curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker --mirror Aliyun安装正常，打开新的终端，输入 docker，输出正常输入 ：docker version遇到：Cannot c
2021-03-26 09:12:58
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原创 20总结，21计划
前几天就想写这篇，拖到现在，明天上班20总结20年新冠突袭，扰乱了整个世界，上半年在家半年，写毕业论文、找工作、发小论文，过的充实，有些焦虑茫然5月24号在家毕业答辩，28号因疫情得到控制才可得以返校，6月10号左右离校离校后，去了趟杭州找了室友，在西湖转了转、江边跑步；去宁波找大学室友聊天喝酒，算是一场小小的毕业旅行大概6月25号去北京找房子，准备工作7月份入职一家测序公司-群体信息部门，研究生期间用Linux比较多，上手比较快，就是工资有些少。所以在7月份还在找工作，有天学院群里有一个国
2021-02-17 22:33:09
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原创 Gromacs统计原子间距离，生成csv格式文件
遇到的问题：gmx distance会生成原子间距离随时间变化的xvg文件，还会在终端生成平均距离。之前统计突变体动力学模拟原子间距离不可用，现在需要重新统计特定原子间距离，因此记录一下：#!/bin/bashgmx distance -f traj.xtc -s md.tpr -select "resid 285 and name HH21 plus resid 363 and name O8" -oall 285Arg-HH21_UNK-O8.xvg > cmdgmx distance
2021-02-07 14:06:36
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原创 python_matplotlib画图
做动力学模拟分析时，xvg文件画图常用origin，当分析的文件多时，每个xvg文件都需要画图，或者不同模拟需要比较时也通过图比较，再手动画图让人比较焦躁，所以就在网上查询利用python画图。其中xvg文件经过 grep 命令处理，处理后的disatance/54HN-363010.xvg可以直接被python读取grep -v '@' 54HN-363010.xvg | grep -v '#' > disatance/54HN-363010.xvgimport matplotlib.pyp
2020-12-03 15:58:17
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空空如也
空空如也
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