Gromacs统计原子间距离，生成csv格式文件

最新推荐文章于 2024-06-25 17:02:03 发布

A Dluter

最新推荐文章于 2024-06-25 17:02:03 发布

阅读量2k

点赞数 1

文章标签： gromacs awk bash

本文链接：https://blog.csdn.net/li1guangjun/article/details/113739855

版权

该博客记录了如何利用GMXDistance工具从traj.xtc和smd.tpr文件中提取特定原子间距离，并生成xvg文件。脚本涉及多个氨基酸残基与FAD之间的距离计算，并将结果整合到resid.csv中，便于后续分析。最终，通过awk和sed等命令处理，创建了一个可以在Windows中直接用xlsx打开的csv文件。

摘要由CSDN通过智能技术生成

遇到的问题：
gmx distance会生成原子间距离随时间变化的xvg文件，还会在终端生成平均距离。之前统计突变体动力学模拟原子间距离不可用，现在需要重新统计特定原子间距离，因此记录一下：

#!/bin/bash

gmx distance -f traj.xtc -s md.tpr -select "resid 285 and name HH21 plus resid 363 and name O8" -oall 285Arg-HH21_UNK-O8.xvg > cmd

gmx distance -f traj.xtc -s md.tpr -select "resid 285 and name HE plus resid 363 and name O7" -oall 285Arg-HE_UNK-O7.xvg >> cmd

gmx distance -f traj.xtc -s md.tpr -select "resid 238 and name HH plus resid 363 and name O8" -oall 238Tyr-HH_UNK-O8.xvg >> cmd

gmx distance -f traj.xtc -s md.tpr -select "resid 223 and name HH plus resid 363 and name O8" -oall 223Tyr-HH_UNK-O8.xvg >> cmd

gmx distance -f traj.xtc -s md.tpr -select "resid 335 and name OG plus resid 363 and name H19" -oall 335Ser-OG_UNK-H19.xvg >> cmd

gmx distance -f traj.xtc -s md.tpr -select "resid 335 and name O plus resid 363 and name H20" -oall 335Ser-O_UNK-H20.xvg >> cmd

gmx distance -f traj.xtc -s md.tpr -select "resid 54 and name H plus resid 363 and name O10" -oall 54Thr-H_UNK-O10.xvg >> cmd
 
gmx distance -f traj.xtc -s md.tpr -select "resid 362 and name N5 plus resid 363 and name C5" -oall FAD-N5_UNK-C5.xvg >> cmd

gmx distance -f traj.xtc -s md.tpr -select "resid 362 and name N5 plus resid 363 and name H17" -oall FAD-N5_UNK-H17.xvg >> cmd

grep "resid" cmd |awk '{ORS=" "; print$2 $5"_" $8 $11}' > resid #提取cmd文件中含有“resid”行，awk提取第2列、第5列、第8列和第11列，中间以“_” 隔开

grep "Average" cmd | awk '{ORS=" "; print$3}' > Average

sed -i "s/://g" resid #把resid中的冒号替换成空格

sed -i "1r Average" resid  #把Average中的内容插入到resid中第二行

awk 'BEGIN{ FS=" ";OFS=","}{print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8}' resid > resid.csv  #把空格换成逗号