仲辛醇/水体系的界面现象

搜索油水界面动力学模拟时，看到论坛中有一篇仲辛醇/水体系的界面现象——Lammps与Gromacs计算结果对比，博主没有给出模拟结果，我自己试了一下：仲辛醇和水会出现界面。下面是我模拟过程添加100个仲辛醇分子和4000个水分子，力场是charmm27。

#gromacs运行命令
gmx insert-molecules -ci oct_GMX.gro -o complex.gro -box 7 7 7 -nmol 100
gmx solvate -cp complex.gro -o solv.gro -p topol.top -maxsol 4000
gmx grompp -f steep.mdp -c solv.gro -p topol.top -o steep.tpr
gmx mdrun -v -deffnm steep -ntmpi 1 -ntomp 6 -gpu_id 0
gmx grompp -f npt.mdp -c steep.gro -p topol.top -o npt.tpr
gmx mdrun -v -deffnm npt -ntmpi 1 -ntomp 6 -gpu_id 0
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -p topol.top -o md.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 6 -gpu_id 0

左图是solv.gro，分别使用gmx insert-molecules和gmx solvate构建模拟体系，体系中水分子看起来分布不均；经过能量最小化和npt，右图是npt.gro，整个模拟体系达到平衡，分子分布均匀。

经过50ns的动力学模拟，仲辛醇和水分子出现界面，仲辛醇分子聚集在一起，羟基朝外，碳链朝内