仲辛醇/水体系的界面现象——Lammps与Gromacs计算结果对比

最新推荐文章于 2024-08-13 08:48:10 发布

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分类专栏：分子动力学文章标签： c++

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0 引言

仲辛醇为无色有芳香气味的易燃油状液体. 低毒. 熔点- 38℃. 沸点178～179℃. 闪点88℃. 折射率1.4256. 相对密度0.835. 黏度(20℃)8.2mPa.s. 不溶于水，可溶于醇、醚及氯仿.
仲辛醇用作合成纤维油剂、消沫剂以及制取表面活性剂、煤矿用浮选剂和农药乳化剂的原料，也可作为油脂和蜡的溶剂.

1 模型构建

仲辛醇分子由Material Studio 2019软件构建，将PDB文件上传至ATB（Automated Topology Builder）ATB（Automated Topology Builder）经过量子力学计算优化后的几何结构用于本次模拟计算.

仲辛醇分子的结构信息（2-Octyl.XYZ）

27
 2-Octyl generated by VMD
 H         2.477000        2.122000        0.614000
 O         3.095000        1.680000        0.012000
 C         3.050000        0.277000        0.295000
 H         3.955000       -0.143000       -0.160000
 H         3.116000        0.101000        1.381000
 C         1.812000       -0.437000       -0.277000
 H         1.808000       -0.247000       -1.361000
 C         1.949000       -1.951000       -0.047000
 H         1.137000       -2.508000       -0.524000
 H         1.930000       -2.188000        1.025000
 H         2.894000       -2.329000       -0.457000
 C         0.512000        0.138000        0.316000
 H         0.485000       -0.076000        1.396000
 H         0.536000        1.233000        0.216000
 C        -0.784000       -0.368000       -0.336000
 H        -0.746000       -0.167000       -1.417000
 H        -0.858000       -1.459000       -0.229000
 C        -2.044000        0.277000        0.258000
 H        -2.094000        0.051000        1.334000
 H        -1.965000        1.372000        0.180000
 C        -3.345000       -0.182000       -0.415000
 H        -3.308000        0.073000       -1.485000
 H        -3.413000       -1.278000       -0.365000
 C        -4.599000        0.436000        0.213000
 H        -5.510000        0.107000       -0.303000
 H        -4.567000        1.532000        0.168000
 H        -4.693000        0.150000        1.269000

本次研究仲辛醇/水体系，采用 $10\times6\times6 nm^3$ 模拟盒子，其中包括60个仲辛醇分子和11254个水分子，采用PackmolPACKMOL软件包进行模型构建.

PACKMOL模型构建代码（model.inp）

tolerance 2.0
filetype pdb
output model.pdb

structure water.pdb
  number 11254
  inside box 0. 0. 0. 100. 60. 60.
end structure

structure 2-Octyl-alcohol.pdb
  number 60
  inside box 0. 0. 0. 100. 60. 60.
end structure

采用SPC/E水模型，首先对体系进行能量最小化，减少分子间的不合理重叠现象，消除应力. 接下来将模拟盒子扩大至 $20\times6\times6 nm^3$ ，即沿X轴正负方向各扩展5 nm. 在NVT正则系综下运行10ns，观察表面活性剂/水体系是否产生表面现象.