有参转录组实战4-可变剪接分析

#以下教程主要参考

https://www.jianshu.com/p/804ec7cf7cc2
https://www.jianshu.com/p/b5413ccffe2b
https://www.jianshu.com/p/99a626391b04

#通过转录组数据分析可变剪接AS，首先是软件的安装：

conda create -n rMATS
conda activate rMATS
conda install rmats
conda install rmats2sashimiplot

#测试

rmats.py -h

#新建AS文件夹

echo WT1.sort.bam,WT2.sort.bam,WT3.sort.bam>AS/WT.txt
echo OE1.sort.bam,OE2.sort.bam,OE3.sort.bam>AS/OE.txt

#运行

rmats.py --b1 AS/WT.txt --b2 AS/OE.txt --gtf Ptri_genome.gtf -t paired --readLength 125 --nthread 6 --od AS --cstat 0.0001 --tmp AS

 

#可变剪接类型，跳跃外显子SE，某外显子的5’端被剪接A5SS，某外显子的3’端被剪接A3SS，某外显子的内部被剪接MXE，保留整个内含子RI。得到了fromGTF.SE.txt等五个文件。命令结果解读请看以上链接教程，或自行百度。

#打开fromGTF.SE.txt看看：

#Gosick哥特萝莉侦探事件簿