有参转录组实战11-上传转录组到NCBI

登录NCBI>点击submit>选SRA>选Project>点New submission

1 SUBMITTER

填写名字,邮件,no group,学校学院,街道邮编国家,continue

2 GENERAL INFO

填no BioProject, no BioSample,立马释放数据。

3 PROJECT INFO

填个title和description,no

4 BIOSAMPLE TYPE,填PLANT

5 BIOSAMPLE ATTRIBUTES,Use built-in table editor

开始填表,sample name命名不要相似,组间要有明显的区别,自己加一列replicate

6,SRA METADARA

use built-in table editor

6.5,安装aspera看百度

7,file

选FTP or aspera command line file preload

点开aspera command line upload instructions,下载key file,到服务器里面,一个新的文件夹里面只放我的转录组数据,注意转录组的名字要和上图完全一样。

7.1,等一段较长的时间上传完毕后,在网页上选select preload folder,选择上传好的文件夹

7.2,最后勾选Autofinish submission,continue

8,收到邮箱信息,说等审核过了就自动释放数据了,等两天吧。之后在manage data里面可以看到工程号、样本号和SRA号了。

最后一个转录组教程了,完结。

#万神殿

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转录数据是指对生物体中的转录本进行测序获得的RNA序列数据。将转录数据上传NCBI(National Center for Biotechnology Information)是为了共享和存档这些数据,以便研究人员可以进行后续的分析和比较。 首先,我们需要准备好转录数据的文件,通常是以FASTQ格式存储的序列数据文件。接下来,我们需要访问NCBI的网站,进入Gene Expression Omnibus(GEO)数据库。在GEO数据库中,我们需要创建一个新的实验以上传我们的数据上传数据的第一步是填写实验信息。这包括实验的名称、描述、样本信息等。我们需要提供足够的详细信息,以便其他研究人员可以了解实验的目的和样本来源。 接下来,我们需要上传转录数据文件。在GEO数据库的网站界面上,有一个可以选择文件上传的选项。我们可以选择转录数据文件所在的位置,并进行上传上传完成后,GEO数据库会对文件进行验证,确保数据的准确性和完整性。 最后,我们需要确认上传转录数据的相关信息,并提交验证。在提交之前,我们可以预览上传数据,检查是否正确并符合预期。一旦确认无误,我们可以点击提交按钮,将转录数据上传NCBI的GEO数据库中。 上传完成后,我们会收到一个与我们的数据关联的唯一标识符,可以用于引用和查找我们的数据。其他研究人员可以通过该标识符访问和下载我们上传转录数据,从而进行后续的研究和分析。 总之,将转录数据上传NCBI需要准备好数据文件,填写实验信息,上传数据文件,确认并提交上传。这样,我们的转录数据就可以在NCBI数据库中共享和存档,促进科学研究的进展。

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