geeglm函数R语言广义估计方程系数的置信区间计算

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链接: https://www.codesd.com/item/confidence-interval-of-coefficients-using-the-generalized-estimation-equation-ege.html.
链接: https://stackoverflow.com/questions/21221280/confidence-interval-of-coefficients-using-generalized-estimating-equation-gee.

需要明确，在置信度（检验水准为0.05）确定的情况下置信区间的计算需要Estimate（系数样本估计值）和Std.err（标准误）
即upr=Estimate+1.96Std.err
lwr=Estimate-1.96Std.err

方法一
这个方法不能得到哑变量的系数，只能得到这个变量的系数；比如说Time这个变量是3个水平，两个哑变量，按照方法一只能得到Time这个变量的，无法得到Time2和TIme3参照于TIme1的。

library(geepack)
data(dietox)
dietox$Cu     <- as.factor(dietox$Cu)
mf1 <- formula(Weight~Cu*poly(Time,3))
gee1 <- geeglm(mf1, data=dietox, id=Pig,
               family=poisson("identity"),corstr="ar1")
cc <- coef(summary(gee1))
citab <- with(as.data.frame(cc),
     cbind(lwr=Estimate-1.96*Std.err,
           upr=Estimate+1.96*Std.err))
rownames(citab) <- rownames(cc)

方法二
自己定义confint函数，因为confint函数在geeglm函数中无法使用

confint.geeglm <- function(object, parm, level = 0.95, ...) {
    cc <- coef(summary(object))
    mult <- qnorm((1+level)/2)
    citab <- with(as.data.frame(cc),
                  cbind(lwr=Estimate-mult*Std.err,
                        upr=Estimate+mult*Std.err))
    rownames(citab) <- rownames(cc)
    citab[parm,]
}

confint(gee1)