AMBER分子动力学模拟的一个GpuBuffer错误
在用GPU算Amber分子动力学模拟的时候总是遇到一个错误
cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access was encountered
cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access was encountered
查找了很多资料,发现丢出这个错误并不给出任何有用的信息,需要进一步去检查你的体系、结构是否存在问题。这里,我给出一个解决这个问题的尝试,不一定适用于你的体系、设备,可能需要再多次尝试。
设备、软件版本、模拟条件
(1)GPU设备
V100/16 GB、RTX3080/12 GB、RTX3080Ti/12 GB,不管是在集群还是工作站上都出现过这个问题。
所有机器均为内网,不能连接外网。
(2)软件版本
Amber20、AmberTools21或AmberTools20均出现过这个问题。
(3)模拟体系及条件
膜蛋白,约2000个残基、总原子数约40万(TIP3P水)。使用的力场包括ff19SB、ff14SB、TIP3P、OPC、Gaff、Gaff2、phosaa19、lipid17、GAMCLY-06j_1等。cutoff = 12 ,ntpr = 50000,ntwx = 50000, ntwr = 500000。
报错状态
在minimization、heat的时候均未出现该问题。在equilibrium和producti