代谢组数据：QC归一化（R语言：MetNormalizer包）

最新推荐文章于 2024-06-29 08:48:23 发布

刘·划水摸鱼

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分类专栏： R语言学习文章标签： r语言

本文链接：https://blog.csdn.net/liuyi1750/article/details/123822676

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本文介绍了如何使用R语言中的MetNormalizer包对代谢组数据进行质量控制（QC）归一化处理。通过安装和加载所需软件包，解决安装冲突问题，然后演示了使用MetNormalizer对示例数据和自己的代谢组数据进行标准化处理的步骤。在处理过程中，遇到了因Rtools4更新导致的包安装问题，并提供了解决方案。

摘要由CSDN通过智能技术生成

代谢组数据有多种数据矫正方式：

（1）内标归一化（2）基于样本总面积（3）QC归一化

这里采用MetNormalizer包进行数据前处理。具体R信息如下：

setwd('D:/R_code/MetNormalizer/normalization')
install.packages ("e1071") #安装相应软件包
install.packages("usethis")
install.packages("devtools")
install_github("jaspershen/MetNormalizer")
install_github("jaspershen/demoData")
devtools::install_github("jaspershen/demoData")
library ( e1071)
library(usethis)
library(devtools)
library(demoData)
library(MetNormalizer)
# 安装后，显示Error: package or namespace load failed for ‘MetNormalizer’:
# package ‘MetNormalizer’ was installed before R 4.0.0: please re-install it
# 看是否是安装了多个MetNormalizer包，导致存在冲突，因此查询安装路径
# 可能是路径的问题，查询路径
.libPaths()
#[1] "D:/Program Files/R/R-4.1.2/library"
.libPaths("